translation of the paper sequence and structure conservation in a protein core

Posted 2020-11-21 autumnmaple

sequence and structure conservation in a protein core

将残基结合的紧密程度作为判断保守型的标准（从结构上定义残基的保守性）

　　使用原子与原子之间的紧密标准来研究在残基保守性上蛋白质结构的影响。原子与原子之间的联系数值cont(t,s)由序列s和第t个残基计算得到。计算原子与原子之间的联系是基于范德华半径。半径的取值来源于参考文献，对于碳原子，半径等于1.7埃，氧原子1.5埃，氮原子1.6埃，硫原子1.8埃。当两个原子之间的距离小于相关的范德华半径加上截至准则delta的和时，假定两原子是有联系的。在两原子之间，delta的值必须避免此空间中其他原子的渗透，同时在紧密数量的相关值中确保最大信息。从0.00到1.50以每步0.25扫描delta的值；delta等于0.75时，对于所有类型的残基相关紧密数值向着最大标准差平均化。对于残基的每第i个类型联系的最大数值Cont_MX(i)可以可以说明给定类型残基的最大紧密水平。

　　相关紧密数值（relative packing number）: Cont_p(t, s) = Cont(t, s) / Cont_MX(i)

对于位于第t个位置的任何类型的残基，相关紧密数值与最大可能联系数值比较得到残基的紧密水平。平均联系值AV_p(t)表明在一个家族中残基的平均化结构环境，可以基于所有序列Sf平均化Cont(t, k)的值来计算

　　AV_p(t) = Cont(t, s) / Sf   for k in range(Sf)

s与序列相关，t是在比对中残基的位置，Cont(t, s)和AV_p(t)的联系是在一个家族中在残基的保守性上对残基紧密的影响的测量

 

论文原文：Rodionov M A, Blundell T L. Sequence and structure conservation in a protein core[J]. Proteins Structure Function & Bioinformatics, 2015, 33(3):358-366.

参考文献：

Bondi, A. Van der Waals volumes and radii. J. Phys. Chem. 68:441–447, 1964.