关于matlab中用griddata绘制伪色彩图的一点经验教训

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了关于matlab中用griddata绘制伪色彩图的一点经验教训相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

参考技术A 整个事情起源于这个图

    这是之前和别人组之前合作测试时候我师兄画的,横轴压力纵轴温度,颜色轴是电阻率的对数,很直观的看出来了金属到半导体绝缘体的转变与压力温度的关系。

    还记得那是一个阳光明媚的能热死个人的下午,我去找老板讨论这一组数据,大概意思就是压力下这个样品从一个绝缘体/半导体转变为一个金属。老板拿出了师兄之前画的那个图,说你去试试也画下类似这个的图吧,应该不难的。

    “应该不难的”这种话从老板嘴里说出来一般都不可信,然后我去问师兄他比较忙只告诉我他用matlab画的伪色彩图,那怎么办呢,我只能一天从零开始入门matlab了啊。

    先说说我摸索的过程,我思路一开始是这样的:我们测试是在不同压力下对其电阻-温度关系进行的测试,而要将其转化为三维图像首先要将其转化为矩阵,而不同压力下测试的温度范围都不同,也就意味着没法同时放到矩阵里,那该怎么办呢?

    我选择了igor pro中的插值功能来解决这个问题,自己写了个小的macro来执行。

大概意思就是根据输入的T1、T2两个温度点 ,在其中均匀分600个位置,然后在这600个位置中对数据结果进行插值,因为我们的测试一般会得到几千个点,所以这样的简单插值精度完全可以保证。分别对不同压力下数据允许这个macro,即可得到同一温度下不同压力对应的电阻值。将不同压力下插值得到的600*n个数据在excel中排好导入matlab即可得到矩阵。运行griddata指令即可得到结果。

    把相变点一加坐标轴一标也是有那么点意思,不过有个小问题,对每个压力点的测试温度范围都不完全相同,图中是对3.8-290K进行的插值,但许多时候测量范围会差很多,尤其是对一些高温超导体,其下半部分不可能这么整齐,比如下图,而此处使用这种办法只能在矩阵中手动将没有数字的地方设为0,非常麻烦;同时也不能使用'v4'参数,而要换为cubic spline模式。

    然后我又去找师兄讨论了,妄图敲诈出他的原始方法,经过一番讨论,以及我自己的摸索,终于找到了更一般的方法。

    我们首先来看看matlab中griddata的描述

        不仅可以处理矩阵的数据,同时也可对输入的(x,y,z)点集进行插值,此方法即不再将其视为矩阵,而视为xy对应的二元函数z,输入所有的xyz数据进行插值即可。然而处理时首先还要注意点的数量,我们测试的原始数据加起来总共有上万个点,为了提高效率依旧可以先使用igor pro对数据插值及平滑处理,不过不用再设定温度范围,直接选择点的个数(600)插值即可,然后将得到的所有数据(600*n)输入excel中分别为三列:压力、温度、电阻,导入matlab中作为三个向量,运行指令

即可得到完整的包括0K附近及300K附近边角缺憾的相图。之后再添加其他说明数据即可。

这种方法相比于前者更为简便,且应用范围更广,我以后应该不会用我费老大劲搞出来的笨办法了。

MATLAB | 如何使用MATLAB绘制韦恩图的高阶版本:upset图

韦恩图随着阶数升高会越来越复杂,当阶数达到7或者以上时几乎没办法绘制:

但是使用upset图却可以比较轻易的绘制:

两种类型图的对应关系:

这期便教大家如何绘制这样的upset图:


教程部分

0 数据准备

数据需要的是0,1矩阵,例如随机生成数据:

setName='RB1','PIK3R1','EGFR','TP53','PTEN';
Data=rand([200,5])>.85;

每一行代表一个对象,第一行是1,0,0,1,0说明它既属于第一类也属于第四类。

1 配色

配色可以是rgb数值,也可以是多行颜色,也可以用matlab自带的colormap数据:

% 设置两个柱状图及关系连线的颜色
bar1Color=[61,58,61]./255;
bar2Color=[61,58,61]./255;
lineColor=[61,58,61]./255;

在随后的部分会更详细的讲解颜色设置。

2 主要运算

接下来几行就是数据统计的详细代码,小技巧有点多,这部分技巧在韦恩图绘制那篇和数据统计那篇也写到过,可以去瞅瞅,这里不详细展开:

% 进行组合统计(一顿花里胡哨的操作)
pBool=abs(dec2bin((1:(2^size(Data,2)-1))'))-48;
[pPos,~]=find(((pBool*(1-Data'))|((1-pBool)*Data'))==0);
sPPos=sort(pPos);dPPos=find([diff(sPPos);1]);
pType=sPPos(dPPos);pCount=diff([0;dPPos]);
[pCount,pInd]=sort(pCount,'descend');
pType=pType(pInd);
sCount=sum(Data,1);
[sCount,sInd]=sort(sCount,'descend');
sType=1:size(Data,2);
sType=sType(sInd);

3 创建布局并修饰

若集合名称为中文乱码,请将字体改为宋体,若后面绘图部分显示不全请调整各个axes的XLim及YLim属性。

% 构造figure及axes
fig=figure('Units','normalized','Position',[.3,.2,.5,.63],'Color',[1,1,1]);
axI=axes('Parent',fig);hold on;
set(axI,'Position',[.33,.35,.655,.61],'LineWidth',1.2,'Box','off','TickDir','out',...
    'FontName','Times New Roman','FontSize',12,'XTick',[],'XLim',[0,length(pType)+1])
axI.YLabel.String='Intersection Size';
axI.YLabel.FontSize=16;
%
axS=axes('Parent',fig);hold on;
set(axS,'Position',[.01,.08,.245,.26],'LineWidth',1.2,'Box','off','TickDir','out',...
    'FontName','Times New Roman','FontSize',12,'YColor','none','YLim',[.5,size(Data,2)+.5],...
    'YAxisLocation','right','XDir','reverse','YTick',[])
axS.XLabel.String='Set Size';
axS.XLabel.FontSize=16;
%
axL=axes('Parent',fig);hold on;
set(axL,'Position',[.33,.08,.655,.26],'YColor','none','YLim',[.5,size(Data,2)+.5],'XColor','none','XLim',axI.XLim)

4 图像绘制

% 相交关系统计图 -----------------------------------------------------------
barHdlI=bar(axI,pCount);
barHdlI.EdgeColor='none';
if size(bar1Color,1)==1
    bar1Color=[bar1Color;bar1Color];
end
tx=linspace(0,1,size(bar1Color,1))';
ty1=bar1Color(:,1);ty2=bar1Color(:,2);ty3=bar1Color(:,3);
tX=linspace(0,1,length(pType))';
bar1Color=[interp1(tx,ty1,tX,'pchip'),interp1(tx,ty2,tX,'pchip'),interp1(tx,ty3,tX,'pchip')];
barHdlI.FaceColor='flat';
for i=1:length(pType)
    barHdlI.CData(i,:)=bar1Color(i,:);
end
text(axI,1:length(pType),pCount,string(pCount),'HorizontalAlignment','center',...
    'VerticalAlignment','bottom','FontName','Times New Roman','FontSize',12,'Color',[61,58,61]./255)
% 集合统计图 ---------------------------------------------------------------
barHdlS=barh(axS,sCount,'BarWidth',.6);
barHdlS.EdgeColor='none';
barHdlS.BaseLine.Color='none';
for i=1:size(Data,2)
    annotation('textbox',[(axS.Position(1)+axS.Position(3)+axI.Position(1))/2-.02,...
        axS.Position(2)+axS.Position(4)./size(Data,2).*(i-.5)-.02,.04,.04],...
        'String',setNamesInd(i),'HorizontalAlignment','center','VerticalAlignment','middle',...
        'FitBoxToText','on','LineStyle','none','FontName','Times New Roman','FontSize',13)
end
if size(bar2Color,1)==1
    bar2Color=[bar2Color;bar2Color];
end
tx=linspace(0,1,size(bar2Color,1))';
ty1=bar2Color(:,1);ty2=bar2Color(:,2);ty3=bar2Color(:,3);
tX=linspace(0,1,size(Data,2))';
bar2Color=[interp1(tx,ty1,tX,'pchip'),interp1(tx,ty2,tX,'pchip'),interp1(tx,ty3,tX,'pchip')];
barHdlS.FaceColor='flat';
sstrsize(Data,2)='';
for i=1:size(Data,2)
    barHdlS.CData(i,:)=bar2Color(i,:);
    sstri=[num2str(sCount(i)),' '];
end
text(axS,sCount,1:size(Data,2),sstr,'HorizontalAlignment','right',...
    'VerticalAlignment','middle','FontName','Times New Roman','FontSize',12,'Color',[61,58,61]./255)
% 绘制关系连线 ---------------------------------------------------------------
patchColor=[248,246,249;255,254,255]./255;
for i=1:size(Data,2)
    fill(axL,axI.XLim([1,2,2,1]),[-.5,-.5,.5,.5]+i,patchColor(mod(i+1,2)+1,:),'EdgeColor','none')
end
[tX,tY]=meshgrid(1:length(pType),1:size(Data,2));
plot(axL,tX(:),tY(:),'o','Color',[233,233,233]./255,...
    'MarkerFaceColor',[233,233,233]./255,'MarkerSize',10);
for i=1:length(pType)
    tY=find(pBool(pType(i),:));
    oY=zeros(size(tY));
    for j=1:length(tY)
        oY(j)=find(sType==tY(j));
    end
    tX=i.*ones(size(tY));
    plot(axL,tX(:),oY(:),'-o','Color',lineColor(1,:),'MarkerEdgeColor','none',...
        'MarkerFaceColor',lineColor(1,:),'MarkerSize',10,'LineWidth',2);
end

若是前面配色部分使用的是:

bar1Color=[61,58,61]./255;
bar2Color=[61,58,61]./255;
lineColor=[61,58,61]./255;

修改其中一个柱状图颜色,另一个用多行颜色矩阵:

bar1Color=[66,182,195]./255;
bar2Color=[253,255,228;
          164,218,183;
          68,181,197;
          44,126,185;
          35,51,154]./255;
lineColor=[61,58,61]./255;

一个用多行颜色矩阵,一个使用自带colormap数据:

bar1Color=[0,0,245;245,0,0]./255;
bar2Color=cool;
lineColor=[61,58,61]./255;


完整代码

% upSetMDemo
% @author : slandarer
% Zhaoxu Liu / slandarer (2023). upset plot 
% (https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/123695-upset-plot), 
% MATLAB Central File Exchange. 检索来源 2023/1/22.

rng(2)
clc;clear;
setName='RB1','PIK3R1','EGFR','TP53','PTEN';
Data=rand([200,5])>.85;
% setName='A','B','C','D','E','F','G';
% Data=rand([200,7])>.9;

% 设置两个柱状图及关系连线的颜色
bar1Color=[61,58,61]./255;
bar2Color=[61,58,61]./255;
lineColor=[61,58,61]./255;

% bar1Color=[66,182,195]./255;
% bar2Color=[253,255,228;
%           164,218,183;
%           68,181,197;
%           44,126,185;
%           35,51,154]./255;
% lineColor=[61,58,61]./255;

bar1Color=[0,0,245;245,0,0]./255;
bar2Color=cool;
lineColor=[61,58,61]./255;

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以上是关于关于matlab中用griddata绘制伪色彩图的一点经验教训的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

虽然有点弱,matlab中如何绘制星座图

matlab中griddata函数怎么用

Matlab实用程序--图形应用-饼图的绘制

MATLAB | 如何使用MATLAB绘制韦恩图的高阶版本:upset图

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在matlab中绘制一个有很多子图的大图