RNA-seq分析软件“海底捞“--RNACocktail

Posted 2023-04-24

参考技术A

" RNACocktail是一款集成软件，开发者调查了RNA-seq分析的所有主要步骤，评价了不同步骤下分析工具组合的准确性、效率和一致性，提出了一个综合的RNA-seq分析流程手册--”海底捞“----即在转录组的分析范围内，使用RNACocktail你可以组合不同的分析工具，从而一步完成流程分析。

RNACocktail本质上来说是一款”调度“软件，它可以调取你本地上所有的转录组分析工具，因此，这些分析工具需要你提前安装在本地，不建议使用conda安装RNACocktail，否则，在分析过程中你需要指定每一款转录组分析软件或者你所有的转录组分析软件都和RNACocktail一样安装在 同一个环境下。
在跑流程过程中，如果那一步”卡住“了，则可能是某一分析工具安装的问题：
软件版本和例子参见： RNACocktail (bioinform.github.io)

注意 ：RNACocktail需要使用者先建立转录组的索引，我这里就略过了

总的的来说，RANCocktail对于常规的的转录组分析流程提供了一个不错的一步到位的分析解决思路，但实际上，对于稍微复杂点的转录组数据，使用RNACocktail往往无法调整每一步分析的细节，而这又会对最终的结果造成较大的偏差。因此，从来就没有一步到位且能满足各种情况的完美软件，每一步都需要使用者去理解，调整参数，达到最优值。当然，这个软件的文章却能为我们对转录组分析软件提供新的理解和思考。

Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis | Nature Communications

软件说明书 ： RNACocktail (bioinform.github.io)
中文说明 ： 2020-08-18 | 39个RNAseq分析工具与对比_穆易青的博客-CSDN博客

评估结果：

注：定量分为两大类：基因层次和转录本亚型层次，基因层次的定量使用GTF文件中的外显子和基因坐标信息，将reads比对信息与之对应，常用的软件有Featurecounts、HTSeq-count等

Stringtie参考： stringTie:转录本组装和定量工具 (qq.com)

总之，在RNA-seq分析过程中，需要考虑的问题是：分析目的是基因还是转录本？有参还是无参？是否需要比对？是否需要组装转录本？（featurecount）？比对到参考转录组还是参考基因组计数？

海底捞出事了？

阅读本文大概需要 1.9 分钟。

海底捞关闭 300 家左右经营未达到预期的门店，这个事情对海底捞还是有一定影响的。毕竟，它一共也就 1000 余家门店。

很多人对此表示，海底捞这是要凉了吗？

对此，在海底捞给出的答复中，创始人张勇表示，我对趋势的判断错了，当时我做出进一步扩店的计划，现在看确实是盲目自信，当我意识到问题的时候已经来不及了。

上面这话，翻译成人话就是，我们太自信了，以至于盲目扩张，抄行业的底，结果抄崩了。

海底捞的名气一直都很高，一提到海底捞，大家想到的就是那极致入微，乃至让人觉得略微尴尬的服务。

自 18 年的时候，海底捞在港交所挂牌上市，市值一度达到 4700 亿港元。而创始人张勇夫妇，也顺利坐上新加坡首富的位置，可以说是前途一片光明。

只不过大家也都知道，在疫情的影响下，餐饮行业整体苦不堪言，而餐饮领域火锅这个赛道是竞争最激烈的赛道之一。

按理说，即便海底捞有良好的口碑，加上自身 不错的优势，在这样的大环境下，保持理性的开店策略是非常有必要的，但海底捞却不这么做，反而在去年新扩张几百多家门店。

而新开店带来的，必然是成本高的问题。我之前还经常看到有人说，去吃海底捞发现，海底捞的菜品价格涨了很多不说，餐前小零食啥的都跟之前不是一个档次，体验感下降了几个档次。

一下子关店 300 家对经营肯定是多少有些影响的，比如股价波动，但咱就不扯这么远了，就说最实际的安置员工这件事。

这次关闭门店的时候，海底捞表示不会裁员，这一点挺好的，体现了海底捞的责任跟当担。不过后面说了，会作相应的调整，说是要强化内部管理和考核机制。啥意思呢？简单举个例子，比如公司开始严格考核你上下班时间，说明什么？其实就是要抓「把柄」。

说句实话，大部分企业不会干不赚钱的买卖。今天明面上说不裁员，但可能会把你分流到其他门店。如果本地没有门店了，那就把你分到异地门店，你要嫌弃，那你可以自己走，反正公司不裁员，这么一看，是不是也没啥毛病？

当然，咱不是说海底捞就是会这么做，只是市面上存在这样的公司会干出这样的事情。

所以，真正的不裁员，一定是保证员工收入不下降，也不调岗到异地门店，不让员工做出困难的选择，才算不裁员，不然都只是做表面功夫而已。

此外，海底捞这次的关店情况，跟 08 年星巴克大举关闭 600 家的场景有些类似。在恰当的时候停下来调整，也不失为一件坏事。只是在这过程里面，不要让员工给自己的盲目乐观买单，那才是真的有担当。

最后，海底捞创始人说他们对趋势判断错误，盲目乐观自信这一点，让我有些感慨，我最近经常说一句话，别人可以对你乐观，但你自己要悲观一点。

这里的悲观，不是说你完全对别人的看法建议避而不听，而是说，你对自身要有个清醒的认知，你要相对保守理性点判断。很多东西，一旦你步子迈太大，但你实力跟不上，匹配不上自己野心的话，随之而来的表现就是服务太扯淡。

很现实的一点是，人一旦太乐观，特别是外界都在夸你的时候，你往往就很容易飘，真以为自己多牛逼一样。虽然大家平时经常会说 ZGNB，但我也知道，大多数时候，就是彼此客套一下，给我一个排面，咱是不是真的很牛逼，自己心里要清楚。

即便我现在创业，有人看好我，但我也不会过分乐观，认为自己一定能干成。当然，我也不会过分悲观，因为跟我一起奋斗的团队小伙伴，我需要对他们负责。所以，在工作上，做任何决策，我都必须要做好判断，在做出选择的时候，也要多带点理性。

最最后，也希望大家做事情的时候，多带一点理性，对自己要多保持一点悲观。优势资源能让一个企业不费力气也能赚钱，但轻松和舒适的生活也会容易导致一个人变得懒散颓废。对自己多一点悲观，其实也是给自己多一点要求。

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