多个单张IMA转一个nii

Posted 2022-12-01 Mario cai

前言
在使用私有的数据集进行深度学习工作时，往往需要对dicom数据序列进行预处理。由于dicom文件格式的多样性，在原始的数据下进行诸如查看和打标签的工作变得困难。
本文将介绍如何使用dcm2niix这个工具进行dicom到nii.gz格式的转换。

测试环境：Windows10 + python3

工具准备
可以直接下载工具包，选择相应的系统版本即可：
https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases
也可以使用MRIcroGL 中集成的dcm2niix工具，两者都是一样的：
https://github.com/rordenlab/MRIcroGL12/releases

本人机器安装了MRIcroGL，dcm2niix.exe默认安装在C:\\Program Files (x86)\\MRIcroGL\\Resources

这是一个命令行工具，没有GUI，需要添加环境变量，在用户变量和系统变量中同时添加名为dcm2niix的环境变量，在path路径也添加该目录：

打开powershell或者cmd，输入dcm2niix，如果出现以下界面，则环境变量添加成功：

使用

设定好路径名字，拉进去就行

 

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