dMRIdesktop docker配置FSL工具链环境

Posted 2022-10-19 _less is more

1、自动下载并启动

docker run --rm -it -v "D:/USC/LONI-student-worker/FSL_workshop":/usr/src/app diannepat/fsl6 /bin/bash

该image很大，约13G，如果没修改docker desktop路径的话会自动下载到C盘，需注意磁盘空间使用情况

设置为stop container后会自动删除，但因为设置了路径映射，在/usr/src/app下产生的文件会保存在设置的Windows路径下，不用担心文件丢失

2、查看版本

flirt -version

3、这个docker image没有pip

安装python3.7 和pip3

apt-get update && apt-get -y install python3.7 python3-pip

查看是否安装

python3 -V
pip3 -V

不知为何测试出来是python3.6，但也没关系了

3、一个很好的dwi教程

https://carpentries-incubator.github.io/SDC-BIDS-dMRI/

他们的github链接

https://github.com/carpentries-incubator/SDC-BIDS-dMRI

可以git下来，安装requirement.txt的python包，用osf下载一个数据，然后跟着教程玩耍即可