使用FSL快速检查3D数据质量，一秒审查上百张！

Posted 2022-10-18 Tina姐

当我们使用 CT/MRI 等三维数据进行深度学习时，数据检查工作是必须的。我们需要查看图像的质量（如伪影，分辨率），图像的模态（是不是想要的模态？），图像的尺寸，方向等等。

通常的做法是使用 3D 图像查看工具（ITK snap, 3Dslicer 等），一个一个打开查看。当数据量变大（成千上万）的时候, 这个做法非常消耗时间和精力，这时又怎么办？

这里推荐使用 FSL 的 slicesdir方法。

三维图像数据可以看成很多二维切片堆叠起来的,可以选择横冠矢三个方向中的一个方向进行切片显示。slicesdir 可以为每个 3D 图像（格式为 NIFTI）生成一个缩略图，缩略图会分别显示横冠矢三个方向，每个方向会自动选择三个层面进行显示，所以一张缩略图就有 9 张图像。

并且会把所有图像的缩略图整合在一个网页上，打开网页可以查看所有图像的缩略图。如下图所示！

原始 3D 图像

网页端缩略图

我们就可以非常直观的看到，前面 3 个图像是其他模态的数据，可以根据它的名字删掉这部分数据。

怎么样？这种方法是不是很神奇！

操作也很简单，一行 linux 命令就可以搞定！

前提是，确保你已经安装了 FSL 工具

FSL 安装教程

使用方法

在 data 文件夹位置打开终端

执行以下命令

slicesdir `imglob *`

注意，这里的符号是TAB键上面那个，在英文模式下敲打。它不是单引号。

运行完后，会在data文件夹下生成一个 slicesdir 的文件夹，里面有每个图像的缩略图，以及一个html网页。

你可以选择按顺序浏览每个缩略图，也可以打开网页快速浏览。

注意事项

1. 虽然这个方法很快，但如果一次超过1000 images的话，打开网页会卡死。如果想用网页查看，则需要将数据进行分批处理。
2. 该方法的更多使用技巧，可以终端直接运行slicesdir查看说明
   
3. imglob也是 fsl 的一个方法。用以列出文件夹的所有图像
   

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