Forest plot（森林图） | Cox生存分析可视化

Posted 2021-05-07 mao1518202

 

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Meta分析的结果使用森林图进行可视化展示很常见，其实COX生存分析也能用森林图展示。

之前分享过绘制KM曲线R|生存分析（1），诺莫图展示COX结果Nomogram（诺莫图） | Logistic、Cox生存分析结果可视化，本文将简单的介绍如何使用R-survminer包绘制Cox生存分析结果的森林图。

 

一 数据准备

本文同样使用上次的TCGA-LIHC队列的临床数据

#载入R函数包
library(survival)
library(survminer)
?
## 读取LIHC数据
LIHC <- read.csv("TCGA-LIHC-nomogram.csv",header=TRUE)
head(LIHC)

二 构建COX回归模型

对LIHC队列进行Cox回归分析，时间变量是time，结局变量是status，自变量选择 age，gender和 grade，结果如下：

#构建模型
model <- coxph( Surv(time, status) ~  age + gender + grade , data =  LIHC )
model

好吧，虽然不显著，但是不影响后续森林图的绘制。

三 绘制森林图

1）ggforest绘制基础森林图

#基础森林图
ggforest(model, data = LIHC)

只需cox回归模型以及数据集即可完成森林图的绘制，但是可以从以下几个方面去优化COX结果森林图：

A：森林图的标题

B：调整前三列的距离，防止过宽或过窄（重叠）

C：字体大小以及HR的小数位数

D：变量名称的调整（分类变量使用数值表示）

2）森林图优化，调整

调整变量名称

LIHC <- within(LIHC, {
gender <- factor(gender, labels = c(‘female‘, ‘male‘))
grade <- factor(grade , labels = c(‘Grade1‘, ‘Grade3‘, ‘Grade3‘ , ‘Grade4‘))
})

也许觉得多此一举？

更重要的用途是当分类变量使用1，2... n的数值表示的时候，在图中不会给出分类比较的变量名称，因此需要数值标志的分类变量进行因子转换，然后再绘制。

可自行将gender的FEMALE和MALE改成1 ，2 ，比较结果的区别。

 

优化森林图

model <- coxph( Surv(time, status) ~  age + gender + grade , data =  LIHC )
ggforest(model,  #coxph得到的Cox回归结果
         data = LIHC,  #数据集
         main = ‘Hazard ratio of LIHC‘,  #标题
         cpositions = c(0.05, 0.15, 0.35),  #前三列距离
         fontsize = 1, #字体大小
         refLabel = ‘reference‘, #相对变量的数值标签，也可改为1
         noDigits = 3 #保留HR值以及95%CI的小数位数
        )

如此即完成了以上几个可优化，调整的地方。

此外森林图左下角会给出出现结局事件的个数，COX生存模型的P值，AIC值和C-index值。

 

◆ ◆ ◆ ◆ ◆

COX生存模型可以绘制森林图，那logist回归的结果可以绘制吗？答案当然是肯定的，后面见！??

 

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