使用gbm.plot（dismo）和partial（pdp）时，部分依赖图的差异，为什么？

Posted 2021-05-06

我正在使用增强回归树（gbm和dismo包）来构建栖息地模型，并使用部分依赖性图来查看每个预测变量对响应变量的影响。我最初使用的是dismo包中的gbm.plot函数，但是从pdp包中找到了部分函数，​​它创建了更好看的图，但两个图之间存在差异。查看示例图像的纬度线条看起来相似，但两个图上的y轴都不同，我想知道为什么。我尝试使用print（）查看函数，但它对于partial不会产生太大的影响。

final.model：适合BRT

ceta_dd_final：用于构建BRT的数据

代码为gbm.plot：

gbm.plot(final.model, n.plots = 17, write.title = T,
  show.contrib = T, y.label = "fitted function")

部分代码：

final.model %>%
  partial(pred.var = "lat", plot=FALSE, train = ceta_dd_final, n.trees = 2400) %>%
  plotPartial(smooth = TRUE, train = ceta_dd_final, rug = TRUE,
      lwd = 2, ylab = expression(f(lat)))

答案

不同之处在于gbm.plot使用普通logit作为图的结果，而partial使用以类为中心的logit，这个选择是为了使y轴在二项式和多项式模型中具有相同的比例。