ggplot基本格式问题？

Posted 2021-05-06

我有一个带有列的大型DF（下面只是一个示例）：

Identity: "T4", "T4", "T4", "TNBC", "TNBC, "Control", "Control"
IdentityColor: "red", "red", "red", "blue", "blue", "green", "green"

PC_1和PC_2：具有与上述变量相关的一些值，用于主成分分析。

我只需要一个散点图：1.身份（T4，TNBC和控件）2.对应于组的颜色。3.点周围的黑色边框（Shape = 21）

我认为应该正常工作的代码不起作用，如下所示：

ggplot(DF, aes(PC_1, PC_2, fill=Identity))+

geom_point(shape=21, size=2)+

scale_fill_manual(values=unique(as.character(DF$IdentityColor

但是我得到的图形将颜色分配给错误的组！注意：我无法手动执行此操作，因为对于某些DF，我最多有18组。

Figure of the output I get

答案

是的，这是语法问题，比什么都重要。简而言之，任何values=命令的scale_都应视为列表，而不是数据帧。强制将数据框添加到列表的效果并不理想，因此最好显式创建它。例如：

set.seed(12345)
df <- data.frame(
  x=1:20,
  y=rnorm(20),
  grp=sample(c('T4','TNBC','Control'),20,replace=TRUE)
)

color_list <- list("T4"="red", "TNBC"="blue", "Control"="green")

ggplot(df, aes(x=x,y=y,fill=grp)) +
  geom_point(shape=21, size=4) +
  scale_fill_manual(values=color_list)

EDIT：正如注释中指出的，列表不是严格要求的，但是命名实体对于确保颜色与特定标签相关联很重要。如果在以上示例中将list(更改为c(，则其工作原理相同。您也可以提供一个字符向量，但是，根据fill=美学中的级别顺序将颜色分配为一个因素。您可以在原始示例中利用此优势，方法是创建一个字符矢量，该字符矢量根据填充美学的级别正确设置排序。