Makefile不能使用`conda activate`

Posted 2021-05-05

我需要在makefile中激活一个conda环境才能运行一些python脚本，但是，每当我尝试运行conda activate env_name时，我都会收到以下消息：

CommandNotFoundError：您的shell未正确配置为使用'conda activate'。如果您的shell是Bash或Bourne变体，请为当前用户启用conda

$ echo ". /Users/MY_USERNAME/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bash_profile

或者，对于所有用户，启用conda

$ sudo ln -s /Users/MY_USERNAME/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh /etc/profile.d/conda.sh

上面的选项将永久启用'conda'命令，但它们不会将conda的基（root）环境放在PATH上。为此，请运行

$ conda activate

在您的终端中，或永久地将基础环境置于PATH上，运行

$ echo "conda activate" >> ~/.bash_profile

在conda 4.4之前，激活conda的推荐方法是修改〜/ .bash_profile文件中的PATH。您应该手动删除看起来像的行

export PATH="/Users/MY_USERNAME/anaconda3/bin:$PATH"

^^^以上行不应该在你的〜/ .bash_profile文件中！ ^^^

我已经尝试通过在顶部添加SHELL := /bin/zsh来更改makefile的shell，但这并不能解决问题。另外，我需要这个makefile能够使用默认shell为计算机运行（我的一些队友使用zsh，其他人使用bash）。似乎无论我做什么，我都无法让conda activate在makefile中工作。

我能做些什么才能让它发挥作用，或者这是不可能的？

答案

经过一番搜索后，我想出了将这个模式添加到我的Makefile中以使conda activate工作。其他人可能会简化。

# Need to specify bash in order for conda activate to work.
SHELL=/bin/bash
# Note that the extra activate is needed to ensure that the activate floats env to the front of PATH
CONDA_ACTIVATE=source $$(conda info --base)/etc/profile.d/conda.sh ; conda activate ; conda activate

py3build:
    ($(CONDA_ACTIVATE) py3.6 ; python setup.py build )

另一答案

conda activate等设置了环境变量。但是，GNU Make会在新生成的shell中调用每行配方。你需要在食谱的每一行调用conda activate。

更好的方法是让makefile执行conda activate，然后在新激活的环境中重新运行自己，然后再构建目标。