用矩阵计算Jaccard相似系数

Posted 2021-05-04

我已经使用了搜索功能，并且没有找到任何关于如何为已经制作的矩阵中的每个单元格创建Jaccard相似系数的内容，而且我对R或Excel都是开放的。

这是我的样本矩阵（450x450围兜耦合矩阵）：

数据：

使用R中的bibliometrix包，我试图找到每个参考的Jaccard相似系数，但手工计算证明它是不正确的：

S <- normalizeSimilarity(NetMatrix, type="jaccard")
NetMatrixTable2 <- as.matrix(S)  

Jaccard矩阵：

我想找到另一种方法来进行Jaccard相似系数，但是它取代了像bibliometrix包中的输出那样的单元格。

答案

vegan包中包含Jaccard指标：

例：

library(vegan)
data(varespec)
vare.dist <- vegdist(varespec, method="jaccard")
mds <- metaMDS(vare.dist)
ordiplot(mds, t="t")