MPI内存泄漏

Posted 2021-05-04

我正在编写一些使用MPI的代码，我在使用valgrind运行时会注意到一些内存泄漏。在尝试确定问题所在的时候，我最终得到了这个简单（并且完全没用）的主要内容：

#include "/usr/include/mpi/mpi.h"

int main(int argc,char** argv)
{
MPI_Init(&argc, &argv);
MPI_Finalize();
return 0;
}

如您所见，此代码不执行任何操作，不应产生任何问题。但是，当我使用valgrind运行代码时（包括串行和并行情况），我得到以下摘要：

== 28271 ==堆概要：

== 28271 ==在退出时使用：2,745块中的190,826字节

== 28271 ==总堆使用量：11,214个allocs，8,469个frees，分配16,487,977个字节

==28271==

== 28271 ==泄漏摘要：

== 28271 ==绝对丢失：55块中的5,950字节

== 28271 ==间接丢失：32个块中的3,562个字节

== 28271 ==可能丢失：0个块中的0个字节

== 28271 ==仍然可以访问：在2,658个块中有181,314个字节

== 28271 ==抑制：0个块中的0个字节

我不明白为什么会有这些泄漏。也许只是我无法读取valgrind输出或正确使用MPI初始化/完成...

我在64位架构上使用ubuntu下的OMPI 1.4.1-3，如果这有帮助的话。

非常感谢你的时间！

答案

你没有做错任何事。 Memcheck与valgrind的误报很常见，你能做的最好就是抑制它们。

本手册的This page更多地谈论了这些误报。最后的报价：

包装器应该减少Memcheck在MPI应用程序上的错误率。由于包装是在MPI接口完成的，因此在接口下方的MPI实现中仍可能会报告大量错误。你能做的最好的就是尽量压制它们。

另一答案

OpenMPI FAQ解决了issues with valgrind问题。这指的是在最终确定期间的初始化问题和内存泄漏 - 这应该没有实际的负面影响。

在许多情况下，Open MPI故意不初始化并随后通信，例如通过调用writev来传送存储器。此外，已知有几种情况，其中在MPI_Finalize上没有正确释放内存。

这无疑有助于将真实错误与误报区分开来。 Valgrind提供了抑制某些函数上下文中的错误和警告的功能。

为了简化使用Valgrind的调试，从v1.5开始，Open MPI提供了一个所谓的Valgrind-suppression文件，可以在命令行上传递：

mpirun -np 2 valgrind
--suppressions=$PREFIX/share/openmpi/openmpi-valgrind.supp