找不到CMAKE必需的头sys / stat.h

Posted 2021-05-03

我正在尝试配置使用CMake的bcl2fastq程序。我找到了触发此错误消息的行

file:bcl2fastq/src/cmake/cxxConfigure.cmake
############## content ####################
..... # ignoring many lines
bcl2fastq_find_header_or_die(HAVE_SYS_STAT_H  sys/stat.h)
......# more lines following

错误信息：

-- time.h found as /usr/include/time.h
-- unistd.h found as /usr/include/unistd.h
CMake Error at cmake/macros.cmake:80 (message):
  Required header sys/stat.h not found.
Call Stack (most recent call first):
  cmake/cxxConfigure.cmake:41 (bcl2fastq_find_header_or_die)
  cxx/CMakeLists.txt:34 (include)

在我的系统上，sys/stat.h位于

/usr/include/x86_64-linux-gnu

在过去，我在/usr/include中添加了一个符号链接到sys/stat.h，修补了问题。有人可以通过修改CMake文件来建议更好的方法吗？

深入挖掘，我发现macros.cmake文件与cxxConfigure.cmake在同一目录中包含宏定义：

#   
# Macro to find libraries, with support for static-only search
#
macro(bcl2fastq_find_header_or_die variable file)
find_file(${variable} ${file} HINTS ENV C_INCLUDE_PATH ENV CPATH ENV CPLUS_INCLUDE_PATH)
if    (${variable})
    message(STATUS "${file} found as ${${variable}}")
else  (${variable})
    message(FATAL_ERROR "Required header ${file} not found.")
endif (${variable})
endmacro(bcl2fastq_find_header_or_die)

然后我做了以下事情：

export C_INCLUDE_PATH=/usr/include/x86_64-linux-gnu

在那之后，CMake似乎很高兴。不确定这是处理此问题的正确方法。

答案

导出环境变量就像

export C_INCLUDE_PATH=/usr/include/x86_64-linux-gnu

是一种用途。

此外，根据doc命令中的find_path，PATHS应该用于HINTS进行硬编码猜测，这意味着修改macros.cmake就像这样

find_file([...] PATHS /usr/include/x86_64-linux-gnu)

更合适。为了获得更大的灵活性，这也可以与PATHS ENV变量结合使用。在CMake邮件列表PATHS中也提到了HINTS与here的使用，但解释并没有提供比文档条目更多的内容。

另一答案

我在/ usr / include中创建了一个名为sys的文件夹。

将stat.h复制到该文件夹​​并再次运行make命令。 bcl2fastq构建完成没有任何问题。