列出与R中的完整路径模式匹配的所有文件

Posted 2021-05-02

我试图获取匹配全路径模式的文件列表。到目前为止，我已经使用了list.files（）但它没有用。

我们假设我们有以下目录组织：

results
   |- A
   |  |- data-1.csv
   |  |- data-2.csv
   |
   |- B
      |- data-1.csv
      |- data-2.csv

然后是以下命令：

list.files(pattern='data-.*\.csv', recursive=TRUE)

将返回与模式匹配的所有文件。这有效，但使用完整路径模式时会出现问题。例如，如果我想从目录结果/ A中获取所有CSV文件，我可以这样做：

list.files(pattern='results/A/data-.*\.csv', recursive=TRUE)

但这不起作用。不知何故，似乎R无法使用全路径模式作为正则表达式。在这种情况下，解决方案可能只是使用结果/ A作为基本路径。但在更复杂的问题中，这是不可能完成的。例如，在某些时候，我们可能希望匹配仅包含字符的子目录：

list.files(pattern='results/[A-Z]+/data-.*\.csv', recursive=TRUE)

可以在R中这样做吗？

更新：在使用临时解决方案一段时间后，我决定一次又一次地停止输入相同的内容。所以，我创建了一个library来简化这项任务。

答案

首先，请注意您没有使用正则表达式模式。你的第一个例子应该是：

list.files(pattern='data-.*\.csv', recursive=TRUE)

然后，似乎list.files中的模式匹配应用于文件基本名称（即，不包括目录路径），因此您可以将任务拆分为：

1. 查找仅与基本名称匹配的所有文件，返回其完整路径： basename.matches <- list.files(pattern='data-.*\.csv', recursive=TRUE, full.names = TRUE) basename.matches # [1] "./results/A/data-1.csv" "./results/A/data-2.csv" "./results/B/data-1.csv" # [4] "./results/B/data-2.csv"
2. 仅保留与预期目录匹配的那些： full.matches <- grep(pattern='^\./results/A/', basename.matches, value = TRUE) full.matches # [1] "./results/A/data-1.csv" "./results/A/data-2.csv"

另一答案

你不能仅使用list.files来做这件事，因为它遍历path中的每个元素并将正则表达式应用于其中包含的文件。但由于path对list.files的论证可以接受一个向量，你可以用它来解决你的问题。

dirs <- grep("[A-Z]+$",list.dirs("results",recursive=FALSE),value=TRUE)
list.files(dirs, "data-.*\.csv", recursive=TRUE, full.names=TRUE)

另一答案

我认为有一个更简单的解决方案：

Sys.glob(file.path(results, "[A-Z]", "data-*.csv"))

另一答案

我会用的

paths <- list.files(results, pattern= glob2rx("*data-*.csv$*"), full.names=T, recursive=T)