如何在group_by()中使用as_tbl_graph()?
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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了如何在group_by()中使用as_tbl_graph()?相关的知识,希望对你有一定的参考价值。
这是我遇到的最近issue on calculating graph depth的后续问题。这涉及tidyverse和tidygraph。在读完整洁图后,我觉得我会试一试,但我的工作流程遇到了一个新问题。
当使用来自dplyr的group_by()
动词为每个组创建一个图形时,来自tidygraph的guess_df_type()
中的as_tbl_graph()
函数不是我正在寻找的但是我找不到按照预期设置from
和to
值的方法。这是一个可重复的例子:
library(tidygraph)
library(tidyverse)
tmp <- tibble(
id_head = as.integer(c(4,4,4,4,4,4,5,5,5,5)),
id_sec = as.integer(c(1,1,1,2,2,2,1,1,2,2)),
token = as.integer(c(1,2,3,1,2,3,1,2,1,2)),
head = as.integer(c(2,2,2,1,1,2,2,2,2,2)),
root = as.integer(c(2,2,2,1,1,1,2,2,2,2))
)
tmp %>%
group_by(id_head, id_sec) %>%
as_tbl_graph()
结果是:
# A tbl_graph: 4 nodes and 10 edges
#
# An undirected multigraph with 1 component
#
# Node Data: 4 x 1 (active)
name
<chr>
1 4
2 5
3 1
4 2
#
# Edge Data: 10 x 5
from to token head root
<int> <int> <dbl> <dbl> <dbl>
1 1 3 1 2 2
2 1 3 2 2 2
3 1 3 3 2 2
# ... with 7 more rows
节点不是从令牌列中获取的,而是来自id_head
和id_sec
。
在进一步研究之后,我将token
和head
重命名为from
和to
,这至少解决了第一个问题:
tmp %>%
rename(
from = token,
to = head
) %>%
as_tbl_graph(directed = FALSE)
导致:
# A tbl_graph: 3 nodes and 10 edges
#
# An undirected multigraph with 1 component
#
# Node Data: 3 x 1 (active)
name
<chr>
1 1
2 2
3 3
#
# Edge Data: 10 x 5
from to id_head id_sec root
<int> <int> <int> <int> <int>
1 1 2 4 1 2
2 2 2 4 1 2
3 2 3 4 1 2
# ... with 7 more rows
让我进一步阐述我遇到的问题。当我尝试在图形中使用group_by(id_head,id_sec)时,结果是一个错误:
tmp %>%
as_tbl_graph() %>%
group_by(id_head, id_sec)
grouped_df_impl(data,unname(vars),drop)出错:
列
id_head
未知
无论哪种方式,我都不明白如何使用tidygraph使用group_by。很感谢任何形式的帮助!提前致谢。
此外,抱歉使用igraph作为标签,它应该是整洁的,但这还不存在。 tidygraph建立在igraph和tidyverse tho之上。
对于第一个问题,我有点不确定你的data.frame应该如何被解析成一个图形 - tidygraph包含它理解的所有图形表示的文档,我建议你参考这个。
对于第二个问题 - 只是节点处于活动状态而边缘包含您要分组的变量。只需在分组前激活边缘......
tmp %>%
rename(
from = token,
to = head
) %>%
as_tbl_graph() %>%
activate(edges) %>%
group_by(id_head, id_sec)
以上是关于如何在group_by()中使用as_tbl_graph()?的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章
如何使用 R 和 dplyr 中连续的元素执行 group_by
当尝试在 group_by 和 mutate 中使用 get() 调用对象时,它会调出整个对象而不是分组对象。我该如何解决?
在 R 中使用 dplyr 在 group_by 之后应用自定义函数