awk，基于前一行开始范围的换行插入

Posted 2021-04-20

我希望在每次出现以A，T，G或C开头的行后插入一个仅包含+的新行

我可以使用下面的代码一次执行此操作（示例代码仅适用于以A开头的行）：

awk 'a=/^A/{b=1}b&&!a{print "+";b=0}1'

你如何制作这样的awk命令需要几个选项来启动一行？即A或T或G或C.

示例输入：

1242345£$$%&£2345235%$^  
@asjksfkjcke-vse-segsgs-  
AGCTGCTAGGCTAGCCAACTG  
1263£%&££1124$^&&"£2112123423%%  
@asdasasf--sd--sdgsdga-  
GCTAGCCTAGGCTTCGAGGCCCCGATTC  
"£%&"!!""^!35£$^12357"£$^

输出：

1242345£$$%&£2345235%$^  
@asjksfkjcke-vse-segsgs-  
AGCTGCTAGGCTAGCCAACTG  
+  
1263£%&££1124$^&&"£2112123423%%  
@asdasasf--sd--sdgsdga-  
GCTAGCCTAGGCTTCGAGGCCCCGATTC  
+    
"£%&"!!""^!35£$^12357"£$^ 

答案

您可以尝试一下（由于未提供样品，因此无法测试）。

awk '/^A/ || /^T/ || /^G/ || /^C/{print $0 ORS;next} 1' Input_file

要么

awk '/^A|^T|^G|^C/{$0=$0 ORS} 1' Input_file

如果您需要在新行中打印+，请在上面的代码中将ORS更改为ORS "+"。

另一答案

awk '1; /^[ATGC]/{print "+"}' file

另一答案

另一个awk

awk ' /^[ATGC]/ { $(NF+1)="
+" }1 '

给定的输入

$ cat giles.txt
1242345£$$%&£2345235%$^
@asjksfkjcke-vse-segsgs-
AGCTGCTAGGCTAGCCAACTG
1263£%&££1124$^&&"£2112123423%%
@asdasasf--sd--sdgsdga-
GCTAGCCTAGGCTTCGAGGCCCCGATTC
"£%&"!!""^!35£$^12357"£$^

$ awk ' /^[ATGC]/ { $(NF+1)="
+" }1 ' giles.txt
1242345£$$%&£2345235%$^
@asjksfkjcke-vse-segsgs-
AGCTGCTAGGCTAGCCAACTG
+
1263£%&££1124$^&&"£2112123423%%
@asdasasf--sd--sdgsdga-
GCTAGCCTAGGCTTCGAGGCCCCGATTC
+
"£%&"!!""^!35£$^12357"£$^

$