如何在大型矩阵中合并具有相似名称的列

Posted 2021-04-17

我正在尝试使用R studio将微生物数据矩阵中的列合并。当我将.csv导入R中时，如下所示：

        species.1   taxa.1   species.2   another.1  taxa.2
ind1    2           4        2           4          3
ind2    4           2        6           3          0

而且我希望它看起来像：

       species    taxa    another
ind1   4          7       4
ind2   10         2       3

我已经看到了不同的代码，这些代码可以使我在小规模上执行此操作，但是我需要一些东西来帮助我针对大型数据集（54x521）进行协调。

答案

假设您的矩阵称为dt，您可以这样做：

使用基数R，您可以这样做

sapply(split.default(data.frame(dt),sub("\..*","",colnames(dt))),rowSums)

     another species taxa
ind1       4       4    7
ind2       3      10    2