边界细化后的分段评估不起作用

Posted 2021-04-15

我目前正在开展一个图像分割项目，其中包含来自ISBI-2012细分挑战的数据。我试图在这个链接上运行BeanShell脚本：https://imagej.net/Segmentation_evaluation_after_border_thinning_-_Script

在我自己预测的分割图像上。但是，我似乎无法用我的图像重现结果。

predicted image

ground truth image

结果我得到了this。据我所知，生成的单元格标签必须采用某种格式，如ISBI-2012网站所述：

预计结果将作为32位TIFF 3D图像提交，其值在0（100％膜确定性）和1（100％非膜确定性）之间。

但是，我无法理解如何以这种格式保存我的图像。有什么方法可以解决这个问题吗？

答案

您确实需要将图像转换为32位并使值位于[0.0 1.0]范围内。

您可以在第59行之后添加两行，在脚本中执行此操作：

IJ.run( proposedLabels, "32-bit", "" );
IJ.run( proposedLabels, "Enhance Contrast...", "saturated=0.3 normalize process_all");

地面实况图像应该是二进制的。