如何从模式中打印不匹配的字母

Posted 2021-04-08

我有两组蛋白质序列数据。如您所见，这2个序列看起来相同，但实际上它们之间有1个不同的氨基酸（字母）。

例如：

档案1：

TV*TV*TV*TISTI*VWGKIGIRIE*PWIVSISEVESVACNSKNSNNNSE*K**FSEHFDLNYEN*K

文件2：

TV*TV*TV*TISTI*VWGKIGIRIE*PWIVSISVVESVACNSKNSNNNSE*K**FSEHFDLNYEN*K

期望的输出：

档案1：

E

文件2：

V

我知道我们可以使用grep，comm，diff命令从两组数据中打印出不同的模式;搜索基于线。但在这种情况下，我如何打印这两种模式之间不同的字母？谢谢。

答案

我认为你不需要re模块。只需一个循环即可修复您的代码。

file1='TV*TV*TV*TISTI*VWGKIGIRIE*PWIVSISEVESVACNSKNSNNNSE*K**FSEHFDLNYEN*K'
file2='TV*TV*TV*TISTI*VWGKIGIRIE*PWIVSISVVESVACNSKNSNNNSE*K**FSEHFDLNYEN*K'
for i in range(len(file1)):
    if(file1[i]!=file2[i]):
        print(file1[i]),(file2[i])

你的输出是：E V

在这里，我们逐字母地比较文件。

另一答案

对于循环：

test_two_strings <- function(string1 = file1, string2 = file2){
                          for(i in 1:nchar(file1)){
                            if (substr(file1, i, i) != substr(file2,i, i)){
                              cat(paste("File 1:", substr(file1, i, i) ,"File 2:", substr(file2, i, i),sep = "
"))
                              break()
                                       }
                                  }
                             }

microbenchmark(test_two_strings(), times = 1000)

VUnit: microseconds
               expr     min      lq     mean  median      uq      max neval
 test_two_strings() 133.927 144.199 169.5508 148.544 160.791 2132.148  1000

另一答案

你也可以尝试这个，我用两个字符串进行比较，如果条件失败我在字符串之间检查。

str1 ="TV*TV*TV*TISTI*VWGKIGIRIE*PWIVSESsVESVACNSKNSNNNSE*K**FSEHFDLNYEN*K"
str2 ="TV*TV*TV*TISTI*VWGKIGIRIE*PWIVSVSsVESVACNSKNSNNNSE*K**FSEHFDLNYEN*K"

for i in range(len(str1)/2):
    if(str1[i:i+2] !=  str2[i:i+2]):
         if  (str1[i:i+1] !=  str2[i:i+1]):
            str1[i:i+1]+"
"+str1[i+1:i+2]
         else:
            print str1[i+1:i+2]+"
"+str2[i+1:i+2]