tmPlot在命名空间中，但找不到它的依赖项

Posted 2021-04-06

我有一个使用tmPlot中的treemap函数的包，但是当我尝试使用该函数时，它会抛出一个错误，其中一个依赖项未加载：

Error in tmPlot(data, index = index, vSize = vSize) : 
  could not find function "brewer.pal"

依赖项已安装在命名空间中。

这个问题有一些设置，是一个包问题，但我试图尽可能减少它：

确保安装了treemap（及其所有依赖项）。

我做了一个名为'anRpackage'的目录。里面是一个文件夹（'R'）和一个带有以下文字的DESCRIPTION文件：

Package: anRpackage
Title: What the package does (short line)
Version: 1.0
Author: Who wrote it
Maintainer: Who to complain to <[e-mail]>
Description: More about what it does (maybe more than one line)
License: What license is it under?
Imports:
    treemap
Collate:
    'maketree.R'

在R /文件夹内是一个名为'maketree.R'的R文件。其内容是：

#' maketree
#' 
#' @importFrom treemap tmPlot
#' @export maketree

maketree <-
function(data, index, vSize){
  tmPlot(data, index=index, vSize=vSize)
}

假设您位于'anRpackage'上方的目录中，请运行以下脚本：

library(roxygen2)
roxygenise("anRpackage/")

library(devtools)

build("anRpackage")
install("anRpackage")

重新启动R（最好使用--vanilla）并运行以下命令：

library(anRpackage)

data(mtcars)
maketree(mtcars, "cyl", "mpg")

你应该在开始时得到我描述的错误。为什么会这样？ RColorBrewer被列为取决于treemap，所以应该自动导入，如果不是？

答案

问题实际上是树形图。 treemap使用brewer.pal，Imports: RColorBrewer和importFrom(RColorBrewer, brewer.pal)也应如此。

现在看来，如果用户说library(treemap)，treemap和RColorBrewer附加到search()路径，并且当tmPlot被评估时brewer.pal被发现在搜索路径上，一切都很好。当然，如果用户说brewer.pal="yeast"或其他东西，包将会破坏，因为会找到错误的符号;这是名称空间的原因之一，用于保护树形图的功能不受用户可能执行的操作。

但是当你（正确地）进口时会发生什么：树形图？ treemap被加载（到内存中）但是树形图及其依赖项都没有附加（到搜索路径）。所以没有找到brewer.pal。

如果树图是Imports：RColorBrewer，那么当树图通过调用library(treemap)附加到搜索路径时，以及仅导入到包中时，都会找到brewer.pal。

联系treemap的维护者，让他们更仔细地构建他们的名字空间。

另一答案

在调用tmPlot(data, index = index, vSize = vSize)之前，需要加载RColorBrewer：

require(RColorBrewer)

另一答案

我认为这是因为你在Imports文件中使用Depends而不是DESCRIPTION。

如果您使用Depends: treemap，则在加载包时会加载并附加treemap包，因此也会加载treemap依赖项。

如果使用Imports: treemap，则只导入指定的命名空间，即可以在函数中使用treemap变量。但似乎在这种情况下，treemap依赖项未加载。

所以我认为你应该使用Depends: treemap（但似乎这些天使用Imports），或直接从你的包中导入RColorBrewer。

对不起，不确定这真的回答了你的问题，你可能已经完全了解所有这些要点......