R - 创建几列非零最小值的新列

Posted 2021-04-06

我正在尝试使用tidyverse和dplyr创建一个新列，该列是多个其他列的行的非零最小值，如果所有列都为0，则为0。简化示例：

df <- data.frame(
  aa = c(0, 0, 0),
  bb = c(0, 1, 2),
  cc = c(2, 5, 3)
)

新列应该是2,1和2.以下代码适用于这种情况，但对于较大的data.frames来说速度非常慢。

df2 <- df %>% 
  select(aa, bb, cc) %>% 
  rowwise() %>% 
  do( (.) %>% as.data.frame %>% mutate(minOver0 = ifelse(sum(.)==0,0,min(.[. > 0]))) ) %>%
  ungroup

我该怎么做才能加快速度呢？

答案

由于您在评论中提到您没有负值，我们可以简单地用NA替换我们列中的零，然后使用pmin然后再次用零替换NAs。只有在表的其余部分没有NAs时，这才有效。

我稍微扩展了你的数据框：

df <- data.frame(
  aa = c(0, 0, 0,0),
  bb = c(0, 1, 2,0),
  cc = c(2, 5, 3,0),
  dd = c(0,0,0,0)
)

我们的结果现在应该是：c（2,1,2,0）

使用以下代码，我们只添加一列这些值：

df3<-df  # copy the frame
df3[df3 == 0] <- NA # replace zeros by NA, replace by <0 if you want to ignore negative values too
# apply row-wise min function after removing NAs
df3<- df3%>% mutate(minover0= pmin(aa,bb,cc, na.rm = T)) 
df3[is.na(df3)] <- 0 # and return zeros, including the zero for the last (all-zero) row

我没有检查这个速度，但我想这比你问题中的rowwise()更快。