R中的熔解相关矩阵

Posted 2021-03-29

我用R创建了一个相关矩阵：

cor(df, use = "p")->df_corr

然后我使用以下方法熔化矩阵：

melt(df_corr) -> df_corr_melted

要得到：

Var1 Var2 value
A    B    .1
A    C     .2
A    A     1
B    A     .1
B    C     .4
B    B     1
C    A     .2
C    B     .4
C    C     1

我想删除还原剂对。例如，我只需要corr（A，C）而不是corr（C，A）。我通读了dplyr中的过滤命令，但由于行组合实际上是唯一的，因此这些不是真正的重复。有什么建议？

答案

您可以通过使用replace将对角线和矩阵的上三角或下三角设置为NA，然后只需melt(..., na.rm = TRUE)一次性完成：

演示：

library(reshape2)
melt(replace(df_corr, lower.tri(df_corr, TRUE), NA), na.rm = TRUE)
#   Var1 Var2      value
# 4   aa   bb  0.5776151
# 7   aa   cc -0.4059593
# 8   bb   cc -0.5673487

样本数据：

set.seed(123)
df_corr <- cor(data.frame(aa = rnorm(10), bb = rnorm(10), cc = rnorm(10)), use = "p")

另一答案

在融化之前你可以做到：

data.frame(Var1=t(combn(colnames(df_corr),2)),Var2=df_corr[lower.tri(df_corr)])

另一答案

这是使用combn和apply函数的方法：

c_names <- combn(names(dat), 2)

cors <- apply(c_names, 2, FUN = function(x) cor(dat[x[1]], dat[x[2]]))

cbind.data.frame(t(c_names), cors)

   1  2       cors
1 aa bb  0.5776151
2 aa cc -0.4059593
3 bb cc -0.5673487

Data

set.seed(123)
dat <- data.frame(aa = rnorm(10),
                  bb = rnorm(10),
                  cc = rnorm(10))