16s 数据库

Posted 2021-03-26 hisak

一、Greengenes数据库

Greengenes数据库由Lawrence Berkeley National Laboratory构建。最新版本为13.8，它对13.5的序列分类进行了修正，13.5版本总共收录16S rRNA序列1,262,986条。这是非冗余的序列，Greengenes可以用Export工具实现对数据的过滤，输出定制的数据库。qiime软件中默认使用的是greengene数据库，为97_otus.fasta这个文件，以及一个对应的注释文件97_otu_taxonomy.txt，一个构建好的系统发育树97_otus.tree。里面包含了99322条非冗余的16S序列。目前最新的文件为99_otus.fasta。Greengenes提供比对工具NAST，可进行多序列比对。提供在线trim处理，可以根据质量值修剪FASTA格式数据文件。qiime中可以使用pynast软件来进行比对，此外，网站的probe工具提供16S rRNA区域探针或者引物的设计功能。GreenGene只包含16S/18S序列，不包含大亚基23S/28S序列。

网站链接：http://greengenes.secondgenome.com/

ftp://greengenes.microbio.me/greengenes_release/

http://greengenes.secondgenome.com/downloads/database/13_5

二、SILVA数据库

SILVA数据库由德国马普研究所和Ribocon主持，提供最新的核糖体大小亚基rRNA注释信息。SILVA数据库是软件包ARB的官方数据库，提供全面的，高质量的可比对的小亚基（如16S/18S，SSU），以及大亚基（23S/28S，LSU）的rRNA序列，用于细菌，古生菌，以及真菌分析。silva也是mothur软件中推荐使用的数据库，截止到本课程制作时间的版本是Version 126，不过126版本目前只提供网络应用，能够下载使用的为123版本。silva数据库提供超过170多万个SSU，9万多LSU序列。silva数据库里面包含五个独立的部分，分别是小亚基的SSU Parc，SSU Ref 以及 SSU Ref NR ，还有大亚基的LSU Parc 与LSU Ref。这些库之间有什么差别呢。这是根据不同的序列长度以及聚类的序列相似性来生成的。官网上面有详细的介绍。我们可以通过网页或者ftp服务器下载silva的数据库。里面包括arb文件和fasta文件，如果不使用arb的软件，我们只需下载fasta的文件。ARB_files存储的为arb格式的文件，Export为fasta序列格式的文件。在16S序列分析中，我们推荐使用SSU Ref NR这个数据库，这个是使用99%的identity标准来进行非冗余处理，准确性更高，在18S序列分析中，使用LSU Ref。并且这些版本的数据库包含一个Guide Tree。

 

网站链接：http://www.arb-silva.de/

https://www.arb-silva.de/documentation/release-123/

三、RDP数据库
RDP数据库来自于（Ribosomal Database Project），前面课程我们提到过RDP的分析流程。其中数据库提供核糖体相关数据和服务，包括在线的数据分析、比对、16S rRNA序列的注释。RDP最新版本是Release 11.4，发布于2015.5.26，收录了共3,224,600条16S rRNAs序列，108,901条真菌28S rRNA序列，是使用最广的16S rRNA序列数据库。RDP数据库提供16S rRNA序列比对和分类、进化树构建、物种分类heatmap、功能基因分析等方便的数据处理功能。RDP项目提供了完整的16S和18S分析方案，

网站链接：http://rdp.cme.msu.edu/index.jsp