liftover-基因座标的转换

Posted yanjiamin

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了liftover-基因座标的转换相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

liftover的介绍

人类基因组有不同的版本,目前用的最多的是hg38和hg19,为了将不同版本的染色体上的位置一一对应,UCSC出了这款工具liftOver,官方的定义是:

This tool converts genome coordinates and genome annotation files between assemblies.

 

1.liftover的安装 

1 wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver

 

2.坐标注释文件下载 

hg38Tohg19注释文件:

1 wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz

hg19Tohg38注释文件:

1 wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38.over.chain.gz

下载得到的*over.chain.gz不需要解压

 

如果需要其他版本的注释文件,请见Sequence and Annotation Downloads,下载对应的liftOver注释文件即可。

 

3.Input文件 

只接受BED格式文件,BED格式文件只定义前三列:chr start end,无表头

注:start不等于end(如果是单位点的话,建议所有end+1 

技术图片

 

4.坐标转换

简单两个命令即可

1.将liftOver变为可执行文件
2.执行,参数为inputfile,over.chain.gz,outputfile,unmapfile(会输出没有对应上的行)

Example:
hg38>hg19

1 /path/to/liftOver /path/to/SFTSV_24vscontrol_circ_hg38.bed /path/to/hg38ToHg19.over.chain.gz /path/to/SFTSV_24vscontrol_circ_hg19.bed /path/to/SFTSV_24vscontrol_circ_hg19_unmap.bed

 技术图片

 显示坐标已经完全转换

 

2019-12-10

22:03:03

 

以上是关于liftover-基因座标的转换的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

ChIP-Seq数据挖掘系列-5.2: ngs.plot 画图工具ngs.plot.r 和 replot.r 参数详解

sh Run_Picard_LiftOver_VCF.sh

构建基因文库的目的和意义?

如何进行坐标转换

基因组文库名词解释

BZOJ4641基因改造 KMP