HiC

Posted 2021-03-22 bio-mary

 

 

 Hi-C是高通量染色体构象捕获（High-throughput Chromosome Conformation Capture, Hi-C）技术的简称，开发于2009年，最初用于捕获全基因组范围内所有的染色质内和染色质间的空间互作信息，目前已应用于基因表达的空间调控机制研究、构建染色体水平参考基因组、构建单体型图谱等。

 

样本处理：甲醛交联固定

 

 

Pe150测序，质量评估，数据对比过滤，有效数据筛选统计，辅助基因组组装 互作图谱构建，互作矩阵构建 （标准分析）

 

 

Hi-C数据获得的基因间互作强度具有两个重要特征：

① 同一条染色体内的基因互作（顺式互作）远高于不同染色体间的互作（反式互作）。

② 同一条染色体内部，两点间距离越远，互作强度越低。

利用此特征可将原始contigs聚类、排序、定向，组装至染色体水平。可对已经组装的基因组进行纠错。

 

TAD (topologicallyassociating domains)即拓扑相关结构域，是指一段具有折叠结构的DNA序列，在图中表现为“方块”，此区域内部的互作频率会显著高于毗邻的两个区域之间的互作频率，TAD是基因组在空间结构中的基本组织形式。

 

基因组单体型： 单体型(Haplotype,haploid genotype)是个体组织中，完全遗传自父母双方中一个亲本的一组等位基因，又称单倍体型或单元型。

 

Hi-C实验样本要求：

动物组织：≥1g（肌肉、肝脏等） 建议培养2-3g组织用于固定，以保证实验可重复性。

 

Hi-C需要生物学重复吗？测多少数据量？周期如何？

从目前发表的文献来看，需要做2个生物学重复。每个样本的测序量根据分辨率计算，一般在基因组大小的100x~300x之间。项目周期一般在3~4个月（含标准分析及高级分析）。

 

 

 

参考来源：

http://www.frasergen.com/cn/index_231.aspx

http://www.genome.cn/Product/HiC/fhic#Position