R 小知识积累

Posted 2021-03-11 zhanmaomao

1、grep

1 ## a为一个data frame,取含有RNA-Seq的行
2 index <- grep("RNA-Seq", a$Assay_Type)
3 b <- a[index,]

2、读取文件，选择不读哪一行

1 ##不读取带有！的行
2 data <- read.table("file",comment.char="!", sep="	")

3、去掉数据框的某一列,添加行名, 列名

##删除第一列
b<-b[,-1]
##添加行名，列名
rowname(b) <- b[,1]
colname(b) <- b[1,]

4、sort

1 ##a为一data frame
2 ##最小值
3 sort(a$num)[1] ; 等价min(a$num)
4 ##四分位
5 sort(a$num, decreasing=T)[1] ;  等价max(a$num)
6 ##five number, 最小值，下四分位，中位数，上四分位，最大值
7 fivenum(a$num)
8 ##<5000的行
9 b <- a[a$num < 5000,]

5、strsplit 切割

1 ##以2进行分割
2 b <- "adfdfd2jdfkd"
3 strsplit(b, "2")
4 adfdf, jdfkd

6、t检验

 1 t.test(1,2) 查看p value，若<0.05,则显著 

7、paste, rep

 1 ##a, 连续粘贴4次
 2 paste("a",1:5)
 3 结果：
 4 a 1, a 2, a 3, a 4
 5 ##a, 连续粘贴4次,以“-”连接
 6 paste("a",1:5, )
 7 结果：
 8 a-1, a-2, a-3, a-4
 9 
10 ##复制a 4次
11 rep("a", 4)
12 结果：
13 a,a,a,a

8、apply 循环

1 ##b 为一个data frame, 每一行求平均数
2 apply(b, 1, function(x){
3         mean(x)
4 })
5 其中 1 代表行，2 代表列
6 上面可以简写为：
7 apply(b, 1, mean)