CAT12提取surface指标

Posted 2021-03-11 sangf

介绍

基于表面的形态学分析（VSM）的方法被越来越多的研究者使用。本文主要介绍基于SPM12和CAT12工具包进行ROI-based VSM的处理步骤。

方法

本文数据处理使用的工具是MATLAB，SPM12和CAT12。要进行VSM的分析，需要在数据预处理阶段的Segment的选项中将Writing options->Surface and thinckness estimation选项改为Yes（图1）。这里会构建大脑的surface结构，同时会计算皮层厚度。其他的surface指标需要在CAT12的面板中的Surface Tools中的Extract Additional Surface Parametters模块（图2）。这些指标包括Gyrification index, Cortical complexity (fractal dimension)和Sulcus depth。执行完该步骤会生成相应指标的gii文件。
提取模板ROI内指标则需要CAT12面板中的Regions of Interest Tools中的Extract ROI-based surface values模块（图3）。

图1. Segmen选项

图2. 计算其他surface指标

图3. 提取ROI内相应指标

相关链接

1. MATLAB
2. SPM
3. CAT