R语言与医学统计图形-17ggplot2几何对象之热图

Posted 2021-03-10 jessepeng

ggplot2绘图系统——heatmap、geom_rect

这里不介绍更常见的pheatmap包。

1.heatmap函数

基础包。

data=as.matrix(mtcars)
#接受矩阵
heatmap(data)
heatmap(data,scale = 'column')

heatmap(data,scale = 'column',
        col=terrain.colors(256),
        Colv = NA,
        Rowv = NA)

2.geom_tile

ggplot2
中，热图可看作若干个小矩形组成。其几何对象就是rect（矩形）或tile（瓦片），两者效果相同。

mydata <- data.frame(year=2000:2015,lung=runif(16),
                     liver=runif(16),bone=runif(16),
                     luk=runif(16),eso=runif(16),gas=runif(16),
                     eye=runif(16),brain=runif(16),pan=runif(16),
                     kidney=runif(16),breast=runif(16))
mydata2 <- reshape(mydata,varying = list(names(mydata)[-1]),
                   timevar = 'cancer',direction = 'long',
                   times = names(mydata)[-1])
ggplot(mydata2,aes(x=year,y=cancer))+
  geom_tile(aes(fill=lung))+ #瓦片图
  coord_polar(theta = 'y',start = 0.25)+ #极坐标转换
  scale_fill_gradient(low = 'white',high = 'red')+
  guides(fill=guide_colorbar(title = '肿瘤发病率'))