jupyter notebookjupyter notebook无法打开/.ipynb文件也无法打开也无法新建

Posted 2021-03-04 anno-ymy

jupyter notebook 无法打开.ipynb文件，也无法新建.ipynb文件，报错为【sqlite3. OperationalError: database is locked】

排查问题。

先关闭这个notebook，再用terminal重新打开一个新的notebook，查看terminal的印屏traceback，发现最近的相关文件路径是…xx/nbformat/sign.py文件。

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这个报错之前，就出现过notebook卡顿，逐渐打不开的问题，且报错 【OsError: Too many open files】
顺着这个路子，先是ulimit查看open files -n的数值是1024，可是改了2048以后又自动恢复了默认值。
遂重启jupyter notebook试试，发现可以打开交互页面了，但打不开文件，而且报了一个未知错误？？？
所以，采用重启方案或者扩大文件句柄数都没解决问题。

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这时，打开文件时就出现新报错【sqlite3, operationaleeror: database is locked】
翻遍所有中文博客，都没找到解决方案，遂考虑重装，然鹅jupyter无论如何也卸载不干净，只对jupyter notebook简单重装了一下，也没有解决问题。

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【重点】

于是开始尝试英文检索问题，终于！在github的jupyter项目下的issue中找到了同样的问题……o(╥﹏╥)o
【贴个地址：https://github.com/jupyter/nbformat/issues/52】
【jupyter-notebook的doc文档：https://jupyter-notebook.readthedocs.io/en/latest/config.html】
根据这个帖子，总体来说，这个问题是基于安装在NFS上的jupyter notebook的，看下来发现是和签名文件有关（nbsignatures.db，具体是什么我也不清楚，看起来像是一个存储了notebook签名的sqlite的文件）。此时，有人建议移除这个历史文件，于是有人把文件重命名了但也米有用。
最后，找到一位的建议对我的问题起作用了：就是更改你的.jupyter/jupyter_notebook_config.py文件（就是安装jupyter时的那个配置文件）。

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【具体解决步骤】

进入隐藏文件 .jupyter 找到 jupyter_notebook_config.py文件；

文件里继续找，找到一行 c.NotebookNotary.db_file=‘‘

可以读到注释写到，这里就是存储notebook签名文件的地方，默认值‘‘，可以使用‘:memory:‘来关闭sqlite对文件系统的写操作。
于是，

vi config //进行文件编辑
c.NotebookNotary.db_file=‘:memory:‘ //然后:wq保存退出

之后，重启notebook

jupyter notebook

打开页面，成功打开ipynb文件，恢复正常。

 

最后关闭临时的notebook，重新打开一个后台运行的notebook。

nohup jupyter notebook &

 

以上。

问题解决。