limma, edgeR, deseq2,genefilter计算差异R包的foldchange方法差别
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差异计算对应生信分析非常重要
limma,genefilter 包计算差异,数据一定要转log, 因为 这两个包计算差异使用的方法是 mean(As)-mean(Bs) , 也计算是 logAmean-logBmean = log(Amean/Bmean)
这也是为什么这两个包算出来的结果直接是logfoldchange .
deseq2 包计算差异使用的是raw readscount,整数数据类型,计算差异的方法为 log(mean(As)/mean(Bs)), 是常规理解的平均值的比值.
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