TWAS数据处理

Posted 2021-02-18 gwm-2019

格式转换

• 给文件可操作权限

sudo chmod o+r /home/gwm/Fusion/ldsc/IPF_GWAS.txt

• 执行文件格式转换

./munge_sumstats.py --sumstats IPF_GWAS.txt --N 11259 --N-cas 2668 --N-con 8591 --out IPF --ignore beta

关联分析

• 执行脚本

for chr in {1..22}
do 
      Rscript FUSION.assoc_test.R       --sumstats IPF_GWAS_DATA/IPF_GWAS_02.sumstats       --weights ./WEIGHTS/GTEx.Whole_Blood.pos       --weights_dir ./WEIGHTS/       --ref_ld_chr ./LDREF/1000G.EUR.       --chr $chr       --out ./y/IPF.$chr.dat
done

• 筛选基因

for chr in {1..4}
do 
      cat IPF.$chr.dat | awk ‘NR == 1 || $NF < 0.05/2058‘
done