beebase

Posted 2021-02-05 djx571

1、简单介绍

BeeBase是一个在线生物信息学数据库，显示与Apis mellifera、欧洲蜜蜂以及一些病原体和其他物种有关的数据。它是与蜜蜂基因组测序联盟合作开发的。BeeBase是蜜蜂研究社区的一个综合序列数据源。目前寄主的基因组有蜜原Apis及其三种病原菌，以及Bombus terrelis和B.凤仙花;另外两个物种，多萨塔原料药和弗洛里亚原料药的基因组目前正在分析中，不久将被纳入研究。BeeBase是建立在A. mellifera基因组Amel_4.5、B. terrelis基因组Bter_1.0和B.凤仙花基因组Bimp_2.0的集合之上的。蜜蜂是社会行为的模范物种，是全球生态的重要传粉者。2006年蜜蜂基因组测序协会的报告为我们提供了第一个全基因组范围内对群居昆虫生活的洞察。BeeBase这样的信息学资源为进一步探索这种生活方式是如何形成的提供了可能性。蜜蜂基因组测序联盟利用下一代测序技术完成了a . mellifera基因组装配的连续性和覆盖性的基因组序列改进工作，并对基因集进行了改进，产生了装配Amel_4.5和官方基因集OGSv3.2。详情发表在BMC基因组学的一份报告中。

2、HGD(Hymenoptera Genome Database)

膜翅目昆虫基因组数据库(HGD)是一种支持膜翅目昆虫(如蜜蜂、黄蜂、蚂蚁)研究的基因组信息学资源。HGD主要分为三个部分:蜜蜂基因组宿主BeeBase和蜜蜂病虫害资源;NasoniaBase是宝石黄蜂(Nasonia vitripennis)基因组的宿主;还有蚂蚁基因组门户，它承载了几种蚂蚁的基因组。HGD提供数据挖掘(膜翅虫胺)、序列搜索(BLAST)、基因组浏览(JBrowse)、基因组注释(Apollo)和数据下载工具。HymenopteraMine和BLAST在所有三个HGD部门之间共享，而JBrowse、Apollo和data download页面则针对每个部门。HymenopteraMine是一种新型的HGD资源。HymenopteraMine是一种数据挖掘工具，它整合了HGD中的所有基因组和各种来源的生物数据。HymeopteraMine的目标是通过使不具备脚本编写技能的研究人员能够创建和导出与自己的研究数据合并的定制注释数据集，以用于下游分析，从而加速基因组学分析。HymenopteraMine促进基于正字法的跨物种数据挖掘，并通过跟踪跨基因集和基因组装配的标识符来支持荟萃分析.膜翅目昆虫基因组数据库在《分子生物学方法》卷《真核基因组数据库》中有一章专门介绍HymenopteraMine:

Hymenoptera Genome Database: Using HymenopteraMine to Enhance Genomic Studies of Hymenopteran Insects