plink合并文件并更新SNP位置（merge file, update SNP position）

Posted 2021-02-03 chenwenyan

一、合并文件

plink合并文件需要用到“merge”参数

如果是ped和map格式文件，则用以下命令：

plink --file data1 --merge data2.ped data2.map --recode --out merge

　　

如果是二进制文件和ped,map格式文件，则用以下命令：

plink --bfile data1 --merge data2.ped data2.map --make-bed --out merge

　　

如果都是二进制文件，则用以下命令：

plink --bfile data1 --bmerge data2.bed data2.bim data2.fam --make-bed --out merge

　　

 

二、更新SNP位置

假设更新 rs10002到位置580000，如下所示：

原始文件：

     ...
     rs10001   500000
     rs10002   580000
     rs10003   540000
     rs10004   560000
     ...
新的文件：

     ...
     rs10001   500000
     rs10003   540000
     rs10004   560000
     rs10002   580000
     ...

更新SNP位置可以采用plink的“--update-name ”和“--update-chr”参数

具体命令如下：

./plink --bfile mydata --update-map rsID.lst --update-name --make-bed --out mydata2

　　

或者

./plink --bfile mydata --update-map chr-codes.txt --update-chr --make-bed --out mydata2

　　

 

rsID.lst的输入格式如下：

    SNP_A-1919191   rs123456
    SNP_A-64646464  rs222222
    ...

chr-codes.txt的输入格式如下：

   rs123456     1
   rs987654     18
   rs678678     X
   ..

 

参考链接：

1、http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/dataman.shtml#merge

2、http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/dataman.shtml#updatemap