掌握这个Python小技巧,轻松构建cytoscape导入文件

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了掌握这个Python小技巧,轻松构建cytoscape导入文件相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

今天小编和大家分享如何借助Python脚本轻松构建cytoscape导入文件。Cytoscape是一个非常适合展示各种相互作用关系的可视化软件。

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具体来说就是可以用于蛋白互作网络的展示,miRNA与蛋白质或者TF与RNA的相互作用等内容的可视化,是一个生信分析不可或缺的神器。但是当要处理的数据比较多,并且需要根据Cytoscape要求整理数据的时候,会不会整理到眼花?不知道你们会不会,反正小编每次都整理得想吐血~~~

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上一次的利用Cytoscape中展示富集分析的结果教程中,Cytoscape导入的文本内容大致有图中的那几列,

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将基因富集后,我们打开的原始文件一般如下图

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为了举例说明,我们仅选取了一个性质,通过分列将gene里的gene分散到各个单元格里,形成下图。

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具体问题是:将图1中source,性质和target三类数据转化为图2里的具有一对一关系样式,原本的解决方法是利用excel的复制横纵转化粘贴,之后可能还有重新整合起来,太过繁琐。

不懂编程的医学狗,还幻想用excel的函数,妄想解决上述问题,多次尝试还是失败。最后依靠大神大腿,学了用python来解决上述问题。下面和大家分享一下具体步骤。

安装和环境变量设计

网址:https://www.python.org/doc/

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安装完还不算,必须先设置好python的环境变量(具体什么东西我一脸懵逼,就知道这个不设置好,错误警告!!!)

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设置也很简单:先找到你你python的安装路径,

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然后根据一下箭头指示操作

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在最后一个编辑系统变量里面,在原来的变量值后面加入“;+python的路径”(这里的分号:,必须是半角下的分号)

创建文本和文件存储

在安装好python以及设计好变量环境后,创建一个文本,改后缀为.py用于存python代码以及一个.txt文本用于存数据。

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其中data2.txt里面的数据应该是下图所显示那样,具体拓展看文末,

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之后打开,cmd,

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先确定刚刚.py和数据文件data.txt所在文件夹。

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在命令框里,进入后默认出现1框所出现的,在1框后输入cd+文件存储位置

将索引引到文件存储位置,才可以进行下一步分析

数据转换

然后动动手指按下“python xxx.py”,然后就出现了一个out.txt

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打开,看下,刺激不刺激,幸福不幸福!这样就解决了上次的困扰了,希望对大家有帮助。这个事情告诉我们,有个会懂代码的同学是个多么好的体验,睡觉都能笑醒!!!!

代码分析和拓展

1、代码如下

coding: utf-8

打开data2.txt

input = open("data2.txt", ‘r‘)
output = open("out.txt",‘w‘)
while True:
line = input.readline()
if not line: #文件读完退出
break;
line = line.strip().split(‘ ‘)
#print(line)
for i in line[2:]:
if not i:
continue
else:
output.write(line[0] + ‘ ‘ + line[1] + ‘ ‘ + i + ‘
‘)
input.close()
output.close()
(’ ’代表excel表里一个空格,’
’是换位,靠i循环。
for i in line[2:]里的line[2:]是用来定循环起点)




<p><strong>2、代码拓展</strong></p>

<p>上面这个代码的关键在与</p>

<p><strong>output.write(line[0] + ‘ ‘ + line[1] + ‘ ‘ + i + ‘ ‘)</strong>这一步,一般不需要更改其余的参数,通过下面几个图来感受下修改后的变化。(这个代码可以拓展,拓展什么样靠自己的想象力了下面我就展示他可伸缩的性质)</p>

<p><strong>加法:(构建具有更多性质属性的输入文件)</strong></p>

<pre>
    output.write(line[0] + ‘    ‘ + line[1] +’  ’+line[2]+ ‘    ‘ + i + ‘
‘)

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公式改变处用红色标明,可以看出这次输出的文件,在原先的基础之上,出现了第三列这一列,也就意味着第三列的输出信息是’ ’+line[2]所表示的。之前说了,line[2]中2是定位的,我们看下我们最先需要处理的数据源。

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Line[X]中X的顺序是从0开始的,也就是说line[0]代表A列,line[2]代表C列。

减法:(删减输入性质的文件)

output.write(line[0] + ‘    ‘ + i + ‘

‘)




<p><img alt="掌握这个Python小技巧,轻松构建cytoscape导入文件" class="has" src="http://p99.pstatp.com/large/pgc-image/bfa186b3123445fc9d9685d137611054" /></p>

<p> </p>

<p>同样我们删去了‘ ‘ + line[1],也就是把line[1]代表的源数据B列给去掉。</p>

<p>根据以上的稍微改动,对于处理这类数据,通过对这段循环语句稍微改动</p>

<pre>
 #print(line)
 for i in line[X:]:
 if not i:
 continue
 else:
 output.write(line[0] + ‘   ‘ + line[1] + ‘ ‘ + i + ‘
‘)

即通过对x的赋值,结合我们的需要,定好合适的起点就对这个脚本有了全面的了解了。

这个代码是开源的,对于将david,bingo插件等富集分析的输出文件转化成符合cytoscape输入格式是非常便利省时的,不需要什么编程的底子,零基础快速掌握一个python小技巧达到构建配置文件的目的。

来源:https://blog.csdn.net/sinat_38682860/article/details/85636619



















以上是关于掌握这个Python小技巧,轻松构建cytoscape导入文件的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

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