掌握这个Python小技巧，轻松构建cytoscape导入文件

Posted 2021-02-01 qixidi

今天小编和大家分享如何借助Python脚本轻松构建cytoscape导入文件。Cytoscape是一个非常适合展示各种相互作用关系的可视化软件。

具体来说就是可以用于蛋白互作网络的展示，miRNA与蛋白质或者TF与RNA的相互作用等内容的可视化，是一个生信分析不可或缺的神器。但是当要处理的数据比较多，并且需要根据Cytoscape要求整理数据的时候，会不会整理到眼花？不知道你们会不会，反正小编每次都整理得想吐血~~~

更多Python视频、源码、资料加群960410445免费获取

上一次的利用Cytoscape中展示富集分析的结果教程中，Cytoscape导入的文本内容大致有图中的那几列，

将基因富集后，我们打开的原始文件一般如下图

为了举例说明，我们仅选取了一个性质，通过分列将gene里的gene分散到各个单元格里，形成下图。

具体问题是：将图1中source，性质和target三类数据转化为图2里的具有一对一关系样式，原本的解决方法是利用excel的复制横纵转化粘贴，之后可能还有重新整合起来，太过繁琐。

不懂编程的医学狗，还幻想用excel的函数，妄想解决上述问题，多次尝试还是失败。最后依靠大神大腿，学了用python来解决上述问题。下面和大家分享一下具体步骤。

安装和环境变量设计

网址：https://www.python.org/doc/

安装完还不算，必须先设置好python的环境变量（具体什么东西我一脸懵逼，就知道这个不设置好，错误警告！！！）

设置也很简单：先找到你你python的安装路径，

然后根据一下箭头指示操作

在最后一个编辑系统变量里面，在原来的变量值后面加入“;+python的路径”（这里的分号:，必须是半角下的分号）

创建文本和文件存储

在安装好python以及设计好变量环境后，创建一个文本，改后缀为.py用于存python代码以及一个.txt文本用于存数据。

其中data2.txt里面的数据应该是下图所显示那样，具体拓展看文末，

之后打开，cmd，

先确定刚刚.py和数据文件data.txt所在文件夹。

在命令框里，进入后默认出现1框所出现的，在1框后输入cd+文件存储位置

将索引引到文件存储位置，才可以进行下一步分析

数据转换

然后动动手指按下“python xxx.py”,然后就出现了一个out.txt

打开，看下，刺激不刺激，幸福不幸福！这样就解决了上次的困扰了，希望对大家有帮助。这个事情告诉我们，有个会懂代码的同学是个多么好的体验，睡觉都能笑醒！！！！

代码分析和拓展

1、代码如下

coding: utf-8
打开data2.txt
input = open("data2.txt", ‘r‘)

output = open("out.txt",‘w‘)

while True:

line = input.readline()

if not line: #文件读完退出

break;

line = line.strip().split(‘ ‘)

#print(line)

for i in line[2:]:

if not i:

continue

else:

output.write(line[0] + ‘ ‘ + line[1] + ‘ ‘ + i + ‘

‘)

input.close()

output.close()

（’ ’代表excel表里一个空格，’

’是换位，靠i循环。

for i in line[2:]里的line[2:]是用来定循环起点）



<p><strong>2、代码拓展</strong></p>

<p>上面这个代码的关键在与</p>

<p><strong>output.write(line[0] + ‘ ‘ + line[1] + ‘ ‘ + i + ‘ ‘)</strong>这一步，一般不需要更改其余的参数，通过下面几个图来感受下修改后的变化。（这个代码可以拓展，拓展什么样靠自己的想象力了下面我就展示他可伸缩的性质）</p>

<p><strong>加法：（构建具有更多性质属性的输入文件）</strong></p>

<pre>
    output.write(line[0] + ‘    ‘ + line[1] +’  ’+line[2]+ ‘    ‘ + i + ‘
‘)


 
公式改变处用红色标明，可以看出这次输出的文件，在原先的基础之上，出现了第三列这一列，也就意味着第三列的输出信息是’ ’+line[2]所表示的。之前说了，line[2]中2是定位的，我们看下我们最先需要处理的数据源。

 
Line[X]中X的顺序是从0开始的，也就是说line[0]代表A列，line[2]代表C列。
减法：（删减输入性质的文件）
output.write(line[0] + ‘    ‘ + i + ‘
‘)



<p><img alt="掌握这个Python小技巧，轻松构建cytoscape导入文件" class="has" src="http://p99.pstatp.com/large/pgc-image/bfa186b3123445fc9d9685d137611054" /></p>

<p> </p>

<p>同样我们删去了‘ ‘ + line[1]，也就是把line[1]代表的源数据B列给去掉。</p>

<p>根据以上的稍微改动，对于处理这类数据，通过对这段循环语句稍微改动</p>

<pre>
 #print(line)
 for i in line[X:]:
 if not i:
 continue
 else:
 output.write(line[0] + ‘   ‘ + line[1] + ‘ ‘ + i + ‘
‘)

即通过对x的赋值，结合我们的需要，定好合适的起点就对这个脚本有了全面的了解了。
这个代码是开源的，对于将david，bingo插件等富集分析的输出文件转化成符合cytoscape输入格式是非常便利省时的，不需要什么编程的底子，零基础快速掌握一个python小技巧达到构建配置文件的目的。
来源：https://blog.csdn.net/sinat_38682860/article/details/85636619