VMD-水溶液中注入离子

Posted 2021-01-28 zll-52011

VMD中默认中性溶液不添加任何离子，故以下操作可加入指定数目的离子。

1.建水盒子：VMD-Extensions-Modeling-Add Solvation Box     

2.填写水盒子参数：如下

3. 加入离子：完成第二步后，会自动生成solvate.pdb 和solvate.psf文件，再VMD安装目录。重启VMD， 打开Tk控制台输入以下命令：

• 只有指定阳离子浓度或数量时，VMD才添加阳离子和等数量的阴离子：如图

（1）autoionize -psf solvate.psf -pdb solvate.pdb -sc 3.15 -cation POT                 #加入盐浓度3.15mol/L 阳离子K+

（2）autoionize -psf solvate.psf -pdb solvate.pdb -nions {{CAL 20} {CLA 30} {POT 10}}       #加入Ca+20个 Cl-30个  K+10个  

•  以下（3）（4）命令没有输入具体数量，溶液中显示不出来加入离子：

（3）autoionize -psf solvate.psf -pdb solvate.pdb -neutralize    

（4）autoionize -psf solvate.psf -pdb solvate.pdb -neutralize -cation MG

• 上述参数意义：neutralize使中和     ion离子    cation阳离子    aion 阴离子    salt concentration盐浓度