序列比对和构建进化树(clustalw和phylip)

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了序列比对和构建进化树(clustalw和phylip)相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

安装clustalw很简单,不提了。

找了几个蛋白序列进行比对,命名为dm.fasta

 

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1、输入 ./clustalw2  进入交互模式    

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2、选择1 并输入文件名字

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3、输入2, 进行多序列比对 

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4、如果要修改输入格式,则点9 

 

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5、若要输出格式为phylip,则点4,并关闭1 

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6、按下回车,后退 

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7、选择1进行比对, 因为phylip输入文件为名infile, 所以这里直接改名字infile,并退出软件即可

 

 

安装phylip 

减压后,进入src 并输入 make -f Makefile.unx install 

然后进入exe, 并将刚才比对结果infile 移到exe中。

进行构建树:

1、最大似然

直接输入./proml , 输入y进行确定参数,得到两个文件,outtree 和outfile,若想图形化,则将outtree 改为outtree.tre 可在mega上查看

2、临接法

先输入./protdist. 计算各个序列中两两序列的距离,得到距离矩阵。将该结果文件改名为infile,并进行临接法构进化树,方法为;输入./neighbor.用同样的方法可以在mega上查看图像

以上是关于序列比对和构建进化树(clustalw和phylip)的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

使用mafft进行多序列比对

病毒进化树构建

序列比对及算法模式的选择

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多序列比对&建树

不出Rstudio, 实现从多序列比对到画进化树