Tophat 首次被发表已经是6年前
Cufflinks也是五年前的事情了
Star的比对速度是tophat的50倍，hisat更是star的1.2倍。
stringTie的组装速度是cufflinks的25倍，但是内存消耗却不到其一半。
Ballgown在差异分析方面比cuffdiff更高的特异性及准确性，且时间消耗不到cuffdiff的千分之一
Bowtie2+eXpress做质量控制优于tophat2+cufflinks和bowtie2+RSEM
Sailfish更是跳过了比对的步骤，直接进行kmer计数来做QC，特异性及准确性都还行，但是速度提高了25倍
kallisto同样不需要比对，速度比sailfish还要提高5倍！！！
参考：https://speakerdeck.com/stephenturner/rna-seq-qc-and-data-analysis-using-the-tuxedo-suite