awk用awk将Fasta文件序列变成一行

Posted 2021-01-05 muuyouzhi

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篇首语：本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理，主要介绍了awk用awk将Fasta文件序列变成一行相关的知识，希望对你有一定的参考价值。

awk:
awk ‘/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }‘ YourFile

sed:
sed -n ‘1{x;d;x};${H;x;s/
/ /1;s/
//g;p;b};/^>/{x;s/
/ /1;s/
//g;p;b};H‘ YourFile

以上是关于awk用awk将Fasta文件序列变成一行的主要内容，如果未能解决你的问题，请参考以下文章

使用 awk 通过文件中的 ID 从 multifasta 文件中提取序列