ROSETTA使用技巧随笔--Full Atom Representation和Centroid Representation

Posted 2020-10-13

Full Atom Representation vs Centroid Representation

Full Atom Representation即全原子标识，氨基酸残基的所有相关原子，均原封不动的表示出来，比如主链即侧链上的所有原子，N O S等，全原子表示的优势在于计算准确，但是耗时较长；

Centroid Representation即质心标识，除了主链骨架用原子（主链氨基N，CA，羧基C，羧基O，氨基H）表示外，其余侧链，均用质心（CB或者CEN）来表示，即忽略具体的侧链构成，用相对简单的表示方法降低计算时间。

简而言之，此两种原子表示方法可以用如下图所示：

左图为Full Atom Representation，右图为Centroid Representation

 

同时，ROSETTA还给出了两种格式相互转换的方法，一种为使用打分函数score的输出文件，即添加-out:output,，使程序输出相应格式的pdb；另一种是使用XML文件的SwitchResidueTypeSetMover，用RosettaScript对格式进行转换，详细可见 https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/full_atom_vs_centroid/fullatom_centroid.

两种格式相互转化时，存在这样一种关系：

Full Atom --> Centroid --> Full Atom 此种转换最终得到的Full Atom Representation和最初始的Full Atom Representation可能会存在一些差别

Centroid --> Full Atom --> Centroid 相对与上一种转换而言，这种转换最初始的Centroid和最后得到的Centroid却是却是一样的。