rosetta geometric constraint file（用于match和design）说明

Posted 2021-01-02 wq242424

cst(constraint file)文件示例：

CST::BEGIN
  TEMPLATE::   ATOM_MAP: 1 atom_name: C6 O4 O2
  TEMPLATE::   ATOM_MAP: 1 residue3: D2N

  TEMPLATE::   ATOM_MAP: 2 atom_type: Nhis,
  TEMPLATE::   ATOM_MAP: 2 residue1: H

  CONSTRAINT:: distanceAB:    2.00   0.30 100.00  1        0
  CONSTRAINT::    angle_A:  105.10   6.00 100.00  360.00   1
  CONSTRAINT::    angle_B:  116.90   5.00  50.00  360.00   1
  CONSTRAINT::  torsion_A:  105.00  10.00  50.00  360.00   2
  CONSTRAINT::  torsion_B:  180.00  10.00  25.00  180.00   4
  CONSTRAINT:: torsion_AB:    0.00  45.00   0.00  180.00   5
CST::END

上述是一个经典的cst文件的示例，res1为三字符的D2N，res2为单字符的氨基酸缩写H（HIS）。

1. cst文件以CST::BEGIN开始，以CST::END结束；

2. TEMPLATE:: ATOM_MAP: 记录什么原子被限制及残基名称，后面只能跟1或者2，代表限制的双方，"atom_name"代表三个被限制原子，本示例中，atom1为C6，atom2为O4，atom3为O2，"atom_type"代表限制的原子类型，因为不同氨基酸可能有相同的原子类型，所以"atom_type"比"atom_name"使用更加灵活，本例中为Nhis，具体第一二三个原子可见rosetta对原子类型的规定（.param文件ICOOR）；

3. residue3指的是输入三字符残基名称，residue1指的是输入单字符残基名称（氨基酸单字符缩写）；

4. CONSTRAINT:: 代表具体限制类型，共分为distanceAB, angle_A, angle_B, torsion_A, torsion_B, torsion_AB五项，具体计算方法为：

　　distanceAB　　Res1:Atom1 - Res2:Atom1
　　angle_A　　   Res1:Atom2 - Res1:Atom1 - Res2:Atom1
　　angle_B　　   Res1:Atom1 - Res2:Atom1 - Res2:Atom2
　　torsion_A　　 Res1:Atom3 - Res1:Atom2 - Res1:Atom1 - Res2:Atom1
　　torsion_B　　 Res1:Atom1 - Res2:Atom1 - Res2:Atom2 - Res2:Atom3
　　torsion_AB　　Res1:Atom2 - Res1:Atom1 - Res2:Atom1 - Res2:Atom2               

　　最后五列数字代表的含义：

　　distanceAB   距离x0　　公差xtol　　力常数k　　价键　　无意义
　　angle_A      角度x0　　公差xtol　　力常数k　　周期　　取样点数
　　angle_A      角度x0　　公差xtol　　力常数k　　周期　　取样点数
　　torsion_A    二面角x0　　公差xtol　　力常数k　　周期　　取样点数
　　torsion_B    二面角x0　　公差xtol　　力常数k　　周期　　取样点数
　　torsion_AB   二面角x0　　公差xtol　　力常数k　　周期　　取样点数

　　其中，公差指的就是允许的范围，例如距离x0-xtol < x < x0+xtol；力常数指的是0 if |x - x0| < xtol and k * ( |x - x0| - xtol ) otherwise，此项仅用于endes；价键指的是共价键为1，非共价键0，共价键时不计算vdw；周期，当x0为120，周期为360时，x即为120，周期为180时，x为120，300，周期为120时，x为120，240，360；取样点数指的是在x0-xtol到x0+xtol之间取样的点数，例如angle_A，x0为105.1，xtol为6，取样点为1，即99.10, 105.10和111.10，又如torsion_A，取样点数为3，即95, 100, 105, 110和115，总取样数位2n+1，取样点数仅用于match。