中性突变SNP的年龄评估（estimate the average age of a neutral two-allele polymorphism）

Posted 2020-12-29 chenwenyan

假设中性突变的频率分别为P和1-P，则其突变年龄为：-4Ne[p*( log_ep)+(1-p)* log_e (1-p)]

The average age of a neutral two-allele polymorphism with frequencies p and is 1-p：-4Ne[p*( log_ep)+(1-p)* log_e (1-p)];

这里，Ne为有效群体大小，假定一个群体的有效群体大小是5000，某个SNP突变频率分别为0.1和0.9,则其突变年龄为：

-4*5000*(0.1*log(0.1)+0.9*log(0.9))= 6501.659

这里的6501单位为generation，一个generation是25年。所以突变年龄是：6501.659*25

 

公式出处：

1、The age of a neutral mutant persisting in a finite population. Genetics 75:199–212 

2、Dating the Origin of the CCR5-D32 AIDS-Resistance Allele by the Coalescence of Haplotypes