图灵丛书Begining Perl for Bioinformatics介绍

Posted 2020-12-24 yahengwang

　　Begining Perl for Bioinformatics是James Tisdall（我崇拜的生物信息大牛之一）编写的一本使用Perl编程语言解决具体的生物学问题的书籍，里面有大量的实例，非常容易上手。本专题Begining Python for Bioinformatics是根据书中内容进行翻译，实例问题使用Python编程语言来解决，非常适合作为生物信息Python入门教程。

　　本专辑的结构

　　本专辑结构根据Begining Perl for Bioinformatics一书的目录结构，共有十三章和两个附录。以下简要介绍：

　　第一章

　　　　本章介绍了分子生物学中的一些关键概念，以及生物学和计算机科学是如何结合在一起。

　　第二章

　　　　本章介绍如何在计算机在启动和运行Python。

　　第三章

　　　　本章概述了程序员如何完成工作。解释了优秀程序员使用的一些最重要的实用策略，以及在编程时如何找到问题的答案。这些想法通过简短的叙述案例研究具体化，这些案例研究表明程序员在遇到问题时如何找到解决方案。

　　第四章

　　　　本章你将开始使用Python编程语言解决DNA和蛋白质相关的问题。该程序将DNA转录为RNA，连接序列，获取DNA的反向互补链，从文件中读取序列数据等。

　　第五章

　　　　本章继续演示Python语言的基础知识，包括搜索DNA或蛋白质中的“motifs”序列的程序。用户交互式运行，将数据写入文件，使用循环和条件判断、使用正则表达式以及操作字符串和数组。

　　第六章

　　　　本章从两个方向扩展了Python的基础知识：函数，它是构造程序的重要方法，以及Python调试器的使用，它可以详细检查正在运行的Python程序。

　　第七章

　　　　基因突变是生物学的基础，使用Python中的random模块建模为随机事件。本章使用随机数生成DNA序列数据集，并重复突变DNA序列。

　　第八章

　　　　本章介绍如何使用遗传密码将DNA翻译成蛋白质。它涵盖了更多的Python编程语言，例如字典、排序和未排序数组、二级制搜索，关系数据库和DBM，以及如何处理FASTA格式的序列数据。

　　第九章

　　　　本章包含对Python正则表达式的介绍，重点是开发一个计算DNA序列限制图谱的程序。

　　第十章

　　　　遗传序列数据库（GenBank）是现代生物学和生物信息学的核心。在本章中，您将学习如何编写程序从GenBank文件和库中提取信息。您还将创建一个数据库，以便在GenBank库上创建自己的快速访问查找。

　　第十一章

　　　　本章开发了一个解析蛋白质数据库（PDB）文件的程序。

　　第十二章

　　　　本章开发了一些代码来解析BLAST输出文件。还提到了BioPython项目及其BLAST机械器，以及一些在Python中格式化输出的其他方法。

　　第十三章

　　　　超出本专辑范围。

 

 

参考资料

　　Begining Perl for Bioinformatics