snpEff安装

Posted 2020-12-20 zhengabel

下载安装包：

wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_v3_6_core.zip

解压安装包：

unzip snpEff_v3_6_core.zip

切换到解压后文件夹：

cd snpEff_v3_6_core

使用java包下载GRCh37.69注释文件

（但是在下载文件时，总是会出现异常，导致下载文件不完整，不知道怎么回事

可以多试几次，直到正常下载为止...）

java -jar snpEff.jar download GRCh37.69 

解压注释文件

unzip snpEff_v3_6_GRCh37.69.zip

在当前文件夹对VCF文件进行注释：

(Memory options for the run may be specified as -Xmx4G (4GB))

java -Xmx4G -jar snpEff.jar -i vcf -o vcf GRCh37.69 example.vcf > example_snpeff.vcf

不在当前文件进行注释：

java -Xmx4G -jar path/to/snpEff/snpEff.jar -c path/to/snpEff/snpEff.config GRCh37.69 path/to/example.vcf > example_snpeff.vcf