可视化工具gephi源码探秘

Posted 2020-10-05

　　在上篇《可视化工具gephi源码探秘(一)》中主要介绍了如何将gephi的源码导入myeclipse中遇到的一些问题，此篇接着上篇而来，主要讲解当下通过myeclipse导入gephi源码的可行性不高以及熟悉netbeans，并把原本基于netbeans平台开发的gephi源码导入进netbeans后启动正常运行的过程，其中有遇到的不少问题和相应的解决方法。

前日工作梗概（还是沿着想把源码导入myeclipse的思路）：

　　经过从各大子模块的pom.xml中筛选出符合条件的jar包写入项目下的pom.xml文件后，maven dependency中虽然多了几十个jar包，表示确实已经下载下来了。但是项目还是大片的红色警告，主要原因还是没有正确导包。

 

　　通过观察发现报警较多的是由于org.openide所在的包没有引入，网上一通找后，在一个专门找jar包的网站上搜索了三个openide的版本jar包，但都遇到部分类不能中的方法还是报错，估计是因为导入的版本不对，但是网上确实找不到相应的jar了，所以这时想起之前通过maven在远程仓库上好像还下载了不少jar，去搜索了下还真有与openide相关的，导入到项目中还真是解决了导包报错的问题，于是针对项目中缺什么就去找什么，最终解决了所有报警的问题，这个问题是解决了，可是还有两大问题一直困扰着我：

　　一是根据各路消息得知gephi是在netbeans平台上开发的，而且在导包的过程中也注意到许多jar都烙上了netbeans的痕迹，担忧这样硬性移植到Myeclipse上会出现水土不服，当然表面上看没有报错；

　　二是通过在项目中搜索发现，项目中没有main函数，针对这一现象特地在网上搜索是否还有其他的入口标记，都是搜索未果。

 

　　下午的时候老大尝试直接把安装文件拷贝到项目中，把安装文件的gephi目录下的jar都换成源码中的各模块的源码，然后再编译，确实能编译过去，并且将部署的目录在.classpath中由bin改为了gephi/modules/目录下了，并将gephi.exe标记拷贝到bin目录下，这样是能够启动程序的，但是是不经过Myeclipse的，还是不能解决当前燃眉之急。

 

 

今日梗概：

　　今天一天都在困惑如何让源代码跑起来以及究竟是选择在myeclipse中跑还是在netbeans中跑。

 

　　工具版本简介：netbeans：6.9.1(起初下载的是netbeans8，但是需要jdk1.7，我的jdk版本是1.6所以选择netbeans6.9.1)、gephi：0.8.2、maven：2.0.6

　　我的足迹大致是这样的：

　　1.昨天晚上的时候发现还是应该尝试下netbeans的开发平台，各种权威官方网站只要提及gephi源码导入以及二次开始无一不提到netbeans，所以在选择平台的岔路口，我想都走着看看，不能一条道走到黑却发现前面是死胡同。

　　安装完netbeans后，开始捯饬着新建个maven项目，因为gephi源码中是有pom.xml文件的，选择的是maven netbeans模块套件选项：

　　但是提示我的maven版本太老（我的是2.0.6）确实是　　有点旧了，后来就挪了一步，换成了项目需要的最低门槛2.0.7，点击下一步，开始配置一些参数信息：

　　点击完成后会先从maven的远程库中下载一些必要的jar包，因为此前是netbeans小白，所以新建项目后不知道如何拷贝gephi源码，只是讲pom.xml中的内容换成了gephi源码中自带的pom.xml，netbeans中的maven机制好像好myeclipse不太一样，在myeclipse中按下ctrl+s即可保存pom.xml同时也会下载jar包，netbeans就不会，所以我直接点击运行，这下好了，控制台打印出大量信息，都是写下载jar包的，具体信息就不贴了（插一句，怎么感觉怎么觉得netbeans的maven下载jar机制很好很强大，哪像myeclipse非你闹别扭一会中断一会报错），当然中途也报错了，说是对maven版本又有要求，需要3.0.3,。啥也别说了直接下个3.0.4吧，此后在运行估摸着jar包也下载的差不多了。

 

　　2.这些都不重要，重要的是gephi的源码还没有导入呢，眼前对他也是没辙，网上关于导入gephi源码到netbeans中的文章也是少之又少，后来时间不早，就回去嚼了嚼霍达的《穆斯林的葬礼》，还算有嚼头。今天一来就上谷歌上找了一通，看了半天也没什么进展，倒是更加确信在myeclipse下导入gephi源码似乎还是有点不合时宜，因为各路大神并没有直接否定说eclipse和myeclipse与导入gephi源码无缘，但是都很巧妙的说到，gephi是基于netbeans开发的，有很多组件一来与netbeans平台也很好用，所以推荐netbeans或者说明自己是用netbeans开发的（事实上，一天下来，真没发现哪个说用eclipse或是myeclipse导入源码成功并能够运行的）。搜索途中，发现有个gephi toolkit，看着拿捏不是很准的英文介绍应该是说是gephi的一个jar可以运行在任何java平台包括myeclipse中，于是下载了一个gephi-toolkit-0.8.7-all的jar，把里面的gephi-toolkit.jar放到在myeclipse中新建项目中，按照wikipedia上的介绍把一些例子挪到了项目中进行测试，其中一个用于生成随机图形的例子的代码如下：

 1 package org.gephi;
 2 
 3 import org.gephi.io.generator.plugin.DynamicGraph;
 4 import org.gephi.io.generator.plugin.RandomGraph;
 5 import org.gephi.io.importer.api.Container;
 6 import org.gephi.io.importer.api.ContainerFactory;
 7 import org.gephi.io.importer.api.ImportController;
 8 import org.gephi.io.processor.plugin.AppendProcessor;
 9 import org.gephi.io.processor.plugin.DefaultProcessor;
10 import org.gephi.project.api.ProjectController;
11 import org.gephi.project.api.Workspace;
12 import org.openide.util.Lookup;
13 
14 public class GenerateGraph {
15 
16 /**
17 * @param args
18 */
19 public static void main(String[] args) {
20      
21   //Init a project - and therefore a workspace
22 ProjectController pc = Lookup.getDefault().lookup(ProjectController.class);
23 pc.newProject();
24 Workspace workspace = pc.getCurrentWorkspace();
25 
26 //Generate a new random graph into a container
27 Container container = Lookup.getDefault().lookup(ContainerFactory.class).newContainer();
28 RandomGraph randomGraph = new RandomGraph();
29 randomGraph.setNumberOfNodes(500);
30 randomGraph.setWiringProbability(0.005);
31 randomGraph.generate(container.getLoader());
32 
33 //Append container to graph structure
34 ImportController importController = Lookup.getDefault().lookup(ImportController.class);
35 importController.process(container, new DefaultProcessor(), workspace);
36 
37 //Generate another graph and append it to the current workspace
38 Container container2 = Lookup.getDefault().lookup(ContainerFactory.class).newContainer();
39 RandomGraph randomGraph2 = new RandomGraph();
40 randomGraph2.setNumberOfNodes(100);
41 randomGraph2.setWiringProbability(0.01);
42 randomGraph2.generate(container.getLoader());
43 importController.process(container2, new AppendProcessor(), workspace); //Use AppendProcessor to append to current workspace
44 
45 //Create new workspace
46 Workspace workspace2 = pc.newWorkspace(pc.getCurrentProject());
47 pc.openWorkspace(workspace2); //Set as current workspace
48 
49 //Generate dynamic graph into workspace 2
50 Container container3 = Lookup.getDefault().lookup(ContainerFactory.class).newContainer();
51 
52 DynamicGraph dynamicGraph = new DynamicGraph();
53 dynamicGraph.generate(container3.getLoader());
54 importController.process(container3, new DefaultProcessor(),       workspace2);
55 
56 }
57 
58 
59 }

　　成功运行后结果如下：

# Nodes loaded: 500
# Edges loaded: 578
# New Nodes appended: 0
# New Edges appended: 0
# Nodes loaded: 50
# Edges loaded: 47

原本还是幻想着能够出来一个和gephi那样的界面，在这块啃了会，觉得没多大希望，而此时netbeans似乎一直在呼唤我。

 

　　3.在网上找了找关于netbeans和maven项目的关系，说是netbeans具有自动识别java项目、maven项目的功能，于是乎，点击文件->打开项目后，进入到我下载的源码目录下如图所示，我期望的gephi-0.8.2-beta没有独特的标示，但是之前下载的gephi-plugins-bootcamp-master倒是被识别出来了

　　先将该项目导入到netbeans中，点击运行，这时居然弹出gephi启动程序了，当时那种心情，在兴奋和犹豫要不要兴奋之间纠结，兴奋的是起码有一种途径可以通过程序跑出gephi，犹豫是因为这毕竟不是在myeclipse平台上，不是我熟悉的味道啊，这一历史性的突破可能就意味着下面我得好好喝netbeans处一段时间了。此外这也不是我要的通过源码启动程序，所以还是在源码上下功夫，搜索了下wikipedia上关于build gephi的介绍，看到了大体的导入的目录结构，于是再次点击打开项目，进入gephi-0.8.2-beta后豁然看见一个标记"ma"

　　可是后面总是显示“maven项目格式不正确”，几经百度、几经谷歌终不能解，于是又是陷入一个低谷。

 

　　4.这时又想到gephi这个项目似乎是没有main函数的，也就是说没有正常项目那样的入口，所以于如何启动从哪启动的问题也是一个心结，一顿搜索后发现问题总是很多，解决的相对较少，我不是第一个有这样疑惑的人，但也不是第一个知道这个问题答案的幸运儿，最终给我的感觉还是说netbeans可以指定一个启动入口或者说netbeans对于桌面应用程序具有特殊的处理使得不需要想一般程序一样通过main函数的讨论（当然，可能是偷偷用的，被封装起来而已）。之后来回往返于几个权威性的网页，看看大家的问题，结合自身的问题，灵机一动，咱换别的版本源码来瞧瞧，于是乎一口气下载了0.8.1-beta、0.8.0-alpha、0.8.0-beta、0.7.-alpha3和0.7-alpha4版本，逐一尝试，最终还是发现0.8.1是可以为我所用的，用过源码启动的阶段性问题算是解决了，启动的部分信息如下：

platform.download：
Using harness folder F:\\Research\\可视化\\code\\源码\\gephi-0.8.1-beta.sources/platform/harness
branding：
files-init：
release：
build：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.taskdefs：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.common-init：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.projectized-common.basic-init：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.basic-init：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.files-init：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.nbm-license-init：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.build-init：
Scanning for modules in F:\\Research\\可视化\\code\\源码\\gephi-0.8.1-beta.sources\\platform\\platform
Scanning for modules in suite F:\\Research\\可视化\\code\\源码\\gephi-0.8.1-beta.sources
org.gephi.desktop.mrufiles.api.init：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.up-to-date：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.compile：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.jar-prep：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.jar：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.netbeans-extra：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.javahelp：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.module-auto-deps：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.release：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.module-xml-regular：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.module-xml-autoload：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.module-xml-eager：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.chmod-executables：
org.gephi.desktop.mrufiles.api.verify-class-linkage：
0 file(s) have been successfully validated.
org.gephi.desktop.mrufiles.api.netbeans：
Generating information for Auto Update...
org.gephi.io.database.drivers.taskdefs：
org.gephi.io.database.drivers.common-init：
org.gephi.io.database.drivers.projectized-common.basic-init：
org.gephi.io.database.drivers.basic-init：
org.gephi.io.database.drivers.files-init：
org.gephi.io.database.drivers.nbm-license-init：
org.gephi.io.database.drivers.build-init：
Scanning for modules in F:\\Research\\可视化\\code\\源码\\gephi-0.8.1-beta.sources\\platform\\platform
Scanning for modules in suite F:\\Research\\可视化\\code\\源码\\gephi-0.8.1-beta.sources
org.gephi.io.database.drivers.init：
org.gephi.io.database.drivers.up-to-date：
org.gephi.io.database.drivers.compile：
org.gephi.io.database.drivers.jar-prep：
org.gephi.io.database.drivers.jar：
org.gephi.io.database.drivers.netbeans-extra：
org.gephi.io.database.drivers.javahelp：
org.gephi.io.database.drivers.module-auto-deps：
org.gephi.io.database.drivers.release：
Copying 6 files to F:\\Research\\可视化\\code\\源码\\gephi-0.8.1-beta.sources\\build\\cluster
org.gephi.io.database.drivers.module-xml-regular：
……

Generating information for Auto Update...
org.gephi.desktop.timeline.taskdefs：
org.gephi.desktop.timeline.common-init：
org.gephi.desktop.timeline.projectized-common.basic-init：
org.gephi.desktop.timeline.basic-init：
org.gephi.desktop.timeline.files-init：
org.gephi.desktop.timeline.nbm-license-init：
org.gephi.desktop.timeline.build-init：
Scanning for modules in F:\\Research\\可视化\\code\\源码\\gephi-0.8.1-beta.sources\\platform\\platform
Scanning for modules in suite F:\\Research\\可视化\\code\\源码\\gephi-0.8.1-beta.sources
org.gephi.desktop.timeline.init：
org.gephi.desktop.timeline.up-to-date：
org.gephi.desktop.timeline.compile：
org.gephi.desktop.timeline.jar-prep：
org.gephi.desktop.timeline.jar：
org.gephi.desktop.timeline.netbeans-extra：
org.gephi.desktop.timeline.javahelp：
org.gephi.desktop.timeline.module-auto-deps：
org.gephi.desktop.timeline.release：
org.gephi.desktop.timeline.module-xml-regular：
org.gephi.desktop.timeline.module-xml-autoload：
org.gephi.desktop.timeline.module-xml-eager：
org.gephi.desktop.timeline.chmod-executables：
org.gephi.desktop.timeline.verify-class-linkage：
1 file(s) have been successfully validated.
org.gephi.desktop.timeline.netbeans：
Generating information for Auto Update...
org.netbeans.swing.dirchooser.taskdefs：
org.netbeans.swing.dirchooser.common-init：
org.netbeans.swing.dirchooser.projectized-common.basic-init：
org.netbeans.swing.dirchooser.basic-init：
org.netbeans.swing.dirchooser.files-init：
org.netbeans.swing.dirchooser.nbm-license-init：
org.netbeans.swing.dirchooser.build-init：
Scanning for modules in F:\\Research\\可视化\\code\\源码\\gephi-0.8.1-beta.sources\\platform\\platform
Scanning for modules in suite F:\\Research\\可视化\\code\\源码\\gephi-0.8.1-beta.sources
org.netbeans.swing.dirchooser.init：
org.netbeans.swing.dirchooser.up-to-date：
org.netbeans.swing.dirchooser.compile：
org.netbeans.swing.dirchooser.jar-prep：
org.netbeans.swing.dirchooser.jar：
org.netbeans.swing.dirchooser.netbeans-extra：
org.netbeans.swing.dirchooser.javahelp：
org.netbeans.swing.dirchooser.module-auto-deps：
org.netbeans.swing.dirchooser.release：
org.netbeans.swing.dirchooser.module-xml-regular：
org.netbeans.swing.dirchooser.module-xml-autoload：
org.netbeans.swing.dirchooser.module-xml-eager：
org.netbeans.swing.dirchooser.chmod-executables：
org.netbeans.swing.dirchooser.verify-class-linkage：
0 file(s) have been successfully validated.
org.netbeans.swing.dirchooser.netbeans：
Generating information for Auto Update...
run：
run.run：

　　至此，gephi的源码导入工作已算结束，下一步就是了解netbeans以及gephi。对于gephi有研究的请在下方留言^_^

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