conda使用教程&Jupyterlab/notebook教程

Posted 2020-12-18 tltr

conda使用教程

1.安装miniconda

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ;bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh;

2.配置configure

~/.condarc

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --remove-key channels #恢复默认镜像

3.查看已配置的channels

conda config --get channels

4.创建环境和安装包

conda create -n env_name package_name  # 创建env_name环境以及在该环境下安装package_name包
source activate env_name， source deactivate env_name  # 激活或者禁用当前环境
conda info --env，conda env list  # 查看所有的环境，带*的为激活的环境
conda create -n env_name python=3.5  # 在env_name 环境中指定暗转python3.5版本
conda list  # 列出当前环境下所有安装包
conda list -n my_env  # 列出 my_env环境中所有的安装包
conda list --export > package-list.txt  # 把当前环境中的所有包导出list，以备后续使用
conda create -n my_env --file package-list.txt  # 对导出的包list重新安装到my_env 环境中
conda search package_name  # 搜索是否有这个安装包，没有的话无法使用conda install 安装
source activate env_name；  # conda install package_name，在env_name环境中安装包
conda info -e #显示环境信息
conda env remove -n env_name #删除环境

例如: 创建外显子测序流程中测序分析环境wes，并在wes中安装外显子分析相关软件，安装完毕后activate环境即可在该环境下分析wes，以避免软件冲突

conda create -n wes bcftools vcftools python=2 bwa
source activate wes

5. 删除环境

conda env remove -n env_name 

6.conda安装/卸载当前channels中不存在的包

anaconda search -t conda xxx #首先搜索包和对应的channel，注意这里是anaconda，而不是conda
anaconda show rpetit3/aspera-connect #查看包详情
conda install -c rpetit3 aspera-connect  #安装rpetit3 channel中的aspera-connect包

7.更新和卸载包

conda update package_name
conda uninstall package_name， conda remove package_name
conda uninstall -n env package_name # 删除env环境中的xxx包 uninstall可以用remove代替
conda update --all #更新所有包

8.conda 更新

1 conda update conda

conda配置文件

~/.condarc

channels:
  - "‘https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main‘"
  - "‘https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free‘"
  - "‘https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro‘"
  - defaults
show_channel_urls: true
envs_dirs:     
  - /conda_envs
pkgs_dirs:     
  - /conda_pkgs

conda安装Jupyterlab

安装juperlab

1、在开始菜单中打开Anaconda Prompt
2、执行jupyter lab安装命令：conda install nodejs jupyterlab 
3、升级jupyter内核和客户端：conda update jupyter_core jupyter_client
4、启动jupyter lab：jupyter lab
? ?启动jupyter notebook：jupyter notebook

配置

配置密码

1.进入python命令行模式

from notebook.auth import passwd
passwd()

输入方便你记的密码，连续输；两次..输完密码后，会输出一个字符串，形如： ’sha1:9e7a5c5e0a29:8cbdvsv2344d141c92beab1c5bc6e9avsdvdsvsv’将其保存下来, 完成以上操作后，通过exit()退出ipython环境

2.进入安装目录 .../jupyter执行

jupyter lab --generate-config
#命令会产生配置文件：/home/xxx/.jupyter/jupyter_notebook_config.py

3.编辑配置文件

 c.NotebookApp.ip = ‘*‘ # 允许访问此服务器的 IP，星号表示任意 IP
 c.NotebookApp.password = u‘sha1:xxx:xxx‘ # 之前生成的密码 hash 字串
 c.NotebookApp.open_browser = False # 运行时不打开本机浏览器
 c.NotebookApp.port = 8888 # 使用的端口，随意设置
 c.NotebookApp.enable_mathjax = True # 启用 MathJax
 c.NotebookApp.allow_remote_access = True #允许远程访问
 c.NotebookApp.notebook_dir = ‘/home/xxxx/notebook‘  #默认打开的工作目录

4.打开防火墙

   firewall-cmd --zone=public --add-port=8888/tcp --permanent
   firewall-cmd --query-port=8888/tcp
   firewall-cmd --reload

5.启动服务

#前台运行模式（命令行窗口不能关闭）
jupyter lab
#后台运行模式
nohup jupyter lab &

6.安装插件

• 安装nodejs

  conda install -c conda-forge nodejs
  

• 打开ExtensionManager

  

给Jupyterlab安装C++ kernel

https://blog.csdn.net/weixin_37543731/article/details/99254107

https://blog.csdn.net/jxncxgx/article/details/104576319

Jupyterlab 插件

https://zhuanlan.zhihu.com/p/101070029

1. 显示系统信息https://www.ctolib.com/mip/jtpio-jupyterlab-system-monitor.html X
2. go_to_definition插件
3. toc插件https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-toc
4. autoversion插件 X
5. drawio插件
6. githubhttps://github.com/jupyterlab/jupyterlab-github
7. LaTeXhttps://github.com/jupyterlab/jupyterlab-latex
8. HTMLhttps://github.com/mflevine/jupyterlab_htmlX
9. plotlyhttps://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/jupyterlab/jupyter-renderers
10. bokehhttps://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/bokeh/jupyter_bokeh
11. matplotlibhttps://github.com/matplotlib/ipympl X
12. sqlhttps://github.com/pbugnion/jupyterlab-sql
13. variableinspectorhttps://github.com/lckr/jupyterlab-variableInspector X
14. gatherhttps://github.com/microsoft/gather
15. lsphttps://github.com/krassowski/jupyterlab-lsp
16. spreadsheethttps://github.com/quigleyj97/jupyterlab-spreadsheet

---

Jupyter notebook插件

插件安装

#pip
pip install jupyter_contrib_nbextensions 
jupyter contrib nbextension install --user
pip install jupyter_nbextensions_configurator
jupyter nbextensions_configurator enable --user
#conda
conda install -c conda-forge jupyter_contrib_nbextensions 
conda install -c conda-forge jupyter_nbextensions_configurator

Jupyter notebook 常用快捷键

命令行模式

f //查找并替换
x //剪切代码块
c //复制代码块
v //粘贴到下面
shift-v //粘贴到上面
d //删除代码块
z //撤销删除
shift-up/down //扩展选择单元格
shift-m //合并单元格
y //变成代码块
m //变成markdown
r //清楚代码块格式
shift-enter //运行并选择下面代码块
alt-enter //运行并插入下面代码块
ctrl-enter //运行选中的代码块
shift-space //向上滚动
space //向下滚动

编辑模式

CTRL+shift+‘-‘ //切割换行

常用插件

1. autopep8：代码规范化

2. codefolding：代码带折叠效果

3. latexenvironments...：latex支持

4. hinterland：代码提示

   exclude_regexp: /[%0-9a-z._/\:~-]/i //避免自动上屏
   

5. highlight select word: 选高亮下文相同单词

6. table of contenes：toc目录生成

7. variable inspector：检查变量

8. autoscroll：自动折叠过长输出

9. execute time：显示执行时间

10. notify：长期任务后台通知插件

11. highlighter：markdown高亮

12. jupyterthemes:主题色彩

    // https://github.com/dunovank/jupyter-themes
    jt -t onedork -fs 95 -altp -tfs 11 -nfs 115 -cellw 88% -T