illumina和sanger测序质量值体系的差异

Posted 2020-12-14 bio-mary

 

FASTQ格式的每第四行表示这条序列的质量值。用ACSII码表示。

 

测序仪一般是按照荧光信号来判断所测序的碱基是哪一种的，例如红黄蓝绿分别对应ATCG，因此对每个结果的判断都是一个概率的问题。

Phred Quality Score Probability of incorrect base call Base call accuracy
10 1 in 10 90 %
20 1 in 100 99 %
30 1 in 1000 99.9 %
40 1 in 10000 99.99 %
50 1 in 100000 99.999 %
最初Sanger中心用Phred Quality Score来衡量该read中每个碱基的质量，Q=-10logP ，其中P代表该碱基被测序错误的概率，如果该碱基测序出错的概率为0.001，则Q应该为30，那么30+33=63，那么63对应的ASCii码为“？”，则在该碱基对应的质量值即“？”。

Solexa系列测序仪使用不同的公示来计算质量值：Q=-10log(P/1-P)

在测序质量较高时，这两个算法得到的Q值没有显著差异。如下图所示

 

不同测序平台，在表示质量值时选择的字符区段也有差异：

Sanger = Q+33；Solexa = Q+64

 

来源：https://blog.csdn.net/godsunshine/article/details/51946314