本周最新文献速递20200614

Posted 2020-12-12 chenwenyan

本周最新文献速递

一

文献题目：Clonal Myelopoiesis in the UK Biobank Cohort: ASXL1 Mutations Are Strongly Associated With Smoking

不想看英文题目：UK Biobank克隆性造血研究：ASXL1突变与抽烟密切相关

杂志和影响因子：Leukemia (IF: 9.944)

样本量：采自UKBiobank的502,524人，表型信息为：骨髓疾病、淋巴疾病、其他癌症、无癌症；四种表型对应的SNP基因型有486,941例；对应的全外测序数据有49,956例；

结论：克隆性造血是一种广泛存在的现象，多发于高龄群体，可发展为血液恶性肿瘤疾病。联合使用SNP芯片和全外显测序数据找到了1166例发生了克隆性造血的个体，包括骨髓相关的镶嵌染色体异常和体细胞驱动突变（DNMT3A, TET2, ASXL1, JAK2, SRSF2, PPM1D）。比起44%有抽烟历史的健康人群，发生克隆性造血个体有抽烟历史的比例更高，达到53%(P?=?3.38?×?10e?6)。进一步分析发现，ASXL1基因上的突变与抽烟显著相关，这表明环境因素如抽烟可促进ASXL1突变进从而发展为克隆性造血。

文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32518416/

二

文献题目：Identification, Heritability, and Relation With Gene Expression of Novel DNA Methylation Loci for Blood Pressure

不想看英文题目：血压的DNA甲基化研究

杂志和影响因子：Hypertension (IF: 7.017)

样本量：发现队列： 4820个样本，年龄为 26.2~63.5 。重复队列：CHARGE队列，17010个样本。

分析方法：将年龄、性别、祖先来源、BMI、细胞组分作为协变量，分析血压与DNA甲基化的相关性。用重复队列进行meta分析，验证发现的位点并鉴定新的甲基化位点。将最显著的甲基化位点所在的基因进行通路分析。使用双胞胎队列数据进行甲基化位点与基因表达的分析，阐明环境和遗传因素如何通过甲基化位点共同影响血压。

结论：全基因组表观遗传分析发现了39个血压相关的甲基化位点，16个在重复队列中被重复出来。交叉验证分析发现34个CpG位点的甲基化水平都是可遗传的，其中有6个与基因表达相关。双生子遗传模型表明，CpG位点甲基化水平和血压之间的相关性可被共同的环境因素所解释。

文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32520614/

三

文献题目：Dissecting Transcriptional Heterogeneity in Primary Gastric Adenocarcinoma by Single Cell RNA Sequencing

不想看英文题目：单细胞RNA测序揭示原发性胃腺癌的转录异质性

杂志和影响因子：Gut (IF: 17.943)

样本量：对来自9个癌症组织和3个非癌症组的27677个细胞进行单细胞RNA测序分析；

结论：通过单细胞RNA测序将27677个细胞划分为14个聚类，其中9个聚类为已知的细胞类型。使用k-means聚类算法鉴定出5635个恶性和4776个非恶性上皮细胞。非恶性细胞与胃粘液、消化酶分泌的标志物相关，恶性上皮细胞的分子过程则富含信号传导途径，例如肿瘤坏死因子、核因子、白介素-6等信号转导因子和转录激活因子。对5635个恶性细胞进行了聚类分析，发现了五个显着的细胞亚组（C1-C5）。三个亚组表现出不同的分化程度，与Lauren亚型的组织病理学特征非常吻合，其他两个亚组显示出独特的转录组特征。低分化程度组可以预测胃腺癌有着较差的预后治疗效果。

文章链接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32532891/

公开的资料：
http://bigd.big.ac.cn/gsa-human/

登记号：HRA000051

四

文献题目：Repositioning of the global epicentre of non-optimal cholesterol

不想看英文题目：囊括1.026亿人、38年、200个国家、1127项研究的胆固醇水平随时间变化趋势分析

杂志和影响因子：Nature (IF:43)

样本量：收集了自1980年到2018的1127项研究，包括200个国家、1.026亿人，年龄在18岁以上的个体；

结论：全球女性平均总胆固醇为4.6mmol,男性为4.5 mmol ，女性每十年降低0.03 mmoll，男性每十年降低0.05 mmoll 。自1980到2018年，从全球的角度上看，总胆固醇和非高密度脂蛋白胆固醇几乎没有发生变化，但非高密度脂蛋白胆固醇（心血管疾病的标志）从1980年西欧为主的国家转移到了2018年以东亚，东南亚和南亚为主的国家。2017年，非高密度脂蛋白胆固醇导致全球390万例死亡，其中一半发生在东亚，东南亚和南亚。这其中有很多的因素导致这种转变，比如不同国家对他汀类药物的推广使用以及饮食习惯等。

文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2338-1

公开的资料：
按国家、年份和性别分类的平均总胆固醇信息：
http://www.ncdrisc.org/