sratoolkit-安装过程中的问题

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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了sratoolkit-安装过程中的问题相关的知识,希望对你有一定的参考价值。

系统:Centos

 

安装sratoolkit:

   从NCBI下载sratoolki2.10.7。按照网页要求提示即可。

    网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc

 

  我认为这个工具是免安装的,下载到本地,配置一下即可(配置不可少,我下面的折腾就是没有配置、配置错误导致的)。

 

我的做法:

  下载到本地后,进入bin文件下的fastq-dump命令,报错:

执行命令:bin/fastq-dump 
This sra toolkit installation has not been configured. Before continuing, please run: vdb-config --interactive For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/

  我很疑惑,为何会有错。按照往常的经验,直接执行bin下面的命令是可以的啊!

 

  不撞南墙不回头,我继续试错:

执行命令:prefetch -v SRR12003611

Maximum file size download limit is 20,971,520KB

2020-06-24T06:21:11 prefetch.2.5.2: Using ascp
2020-06-24T06:21:11 prefetch.2.5.2: Using ascp
2020-06-24T06:21:11 prefetch.2.5.2: Using /home/yuzh/.aspera/connect/bin/ascp
2020-06-24T06:21:11 prefetch.2.5.2 err: error unexpected while resolving tree within virtual file system module - failed to resolve accession SRR12003611 - Obsolete software. See https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Obsolete-software ( 406 )
2020-06-24T06:21:12 prefetch.2.5.2 err: name incorrect while evaluating path within network system module - Scheme is https
2020-06-24T06:21:12 prefetch.2.5.2 err: path not found while resolving tree within virtual file system module - SRR12003611 cannot be found.

  哎,从不敢相信竟然会出错->默默接受->开始寻求解决办法。

 

解决:

  按照提示,执行 vdb-config --interactive。

  按照NCBI此步骤的说明,进行配置。

  配置完毕后,仍然有问题。大惑不解!没招了,不知道该怎么办了。

 

  上网,一顿乱搜,仍然无果。

 

我发现:

  我之前安装过sratoolkit.2.5.2,并把它的bin写入了PATH变量中。

  那么,由此看来,我执行的vdb-config --interactive可能是sratoolkit.2.5.2下的命令。即:配置的是sratoolkit.2.5.2。而不是我刚刚下载的sratoolkit.2.10.7?

 

针对此发现的解决之道:

  去sratoolkit.2.10.7的目录下,执行./bin/vdb-config --interactive。

  出来的配置界面果然与上次的配置界面不同。

  配置完毕后,再执行./bin/fastq-dump命令,没有前面的error,执行成功。

 

  更改PATH,此为后话。

 

总结:

  1.任何异常、怀疑都要重视。

    比如,我执行fastq-dump时,发现版本号2.5。我心里疑惑了一下下:怎么不是2.10呢?随即,放弃了该疑惑。

    如果,我最开始就思考这个疑惑,可能不会折腾这么久。

  2.不要受惯性思维驱使。重视系统/工具给出的任何提示,提示就是解决之道。

以上是关于sratoolkit-安装过程中的问题的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章

windows系统下怎么使用sratoolkit下载sra数据。

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