sratoolkit-安装过程中的问题

Posted 2020-12-12 zypiner

系统：Centos

 

安装sratoolkit：

　　 从NCBI下载sratoolki2.10.7。按照网页要求提示即可。

　　　　网址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc

 

　　我认为这个工具是免安装的，下载到本地，配置一下即可（配置不可少，我下面的折腾就是没有配置、配置错误导致的）。

 

我的做法：

　　下载到本地后，进入bin文件下的fastq-dump命令，报错：

执行命令：bin/fastq-dump 
                                                                                                                                               
This sra toolkit installation has not been configured.
Before continuing, please run: vdb-config --interactive
For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/

　　我很疑惑，为何会有错。按照往常的经验，直接执行bin下面的命令是可以的啊！

 

　　不撞南墙不回头，我继续试错：

执行命令：prefetch -v SRR12003611

Maximum file size download limit is 20,971,520KB

2020-06-24T06:21:11 prefetch.2.5.2: Using ‘ascp‘
2020-06-24T06:21:11 prefetch.2.5.2: Using ‘ascp‘
2020-06-24T06:21:11 prefetch.2.5.2: Using ‘/home/yuzh/.aspera/connect/bin/ascp‘
2020-06-24T06:21:11 prefetch.2.5.2 err: error unexpected while resolving tree within virtual file system module - failed to resolve accession ‘SRR12003611‘ - Obsolete software. See https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Obsolete-software ( 406 )
2020-06-24T06:21:12 prefetch.2.5.2 err: name incorrect while evaluating path within network system module - Scheme is ‘https‘
2020-06-24T06:21:12 prefetch.2.5.2 err: path not found while resolving tree within virtual file system module - ‘SRR12003611‘ cannot be found.

　　哎，从不敢相信竟然会出错->默默接受->开始寻求解决办法。

 

解决：

　　按照提示，执行 vdb-config --interactive。

　　按照NCBI此步骤的说明，进行配置。

　　配置完毕后，仍然有问题。大惑不解！没招了，不知道该怎么办了。

 

　　上网，一顿乱搜，仍然无果。

 

我发现：

　　我之前安装过sratoolkit.2.5.2，并把它的bin写入了PATH变量中。

　　那么，由此看来，我执行的vdb-config --interactive可能是sratoolkit.2.5.2下的命令。即：配置的是sratoolkit.2.5.2。而不是我刚刚下载的sratoolkit.2.10.7？

 

针对此发现的解决之道：

　　去sratoolkit.2.10.7的目录下，执行./bin/vdb-config --interactive。

　　出来的配置界面果然与上次的配置界面不同。

　　配置完毕后，再执行./bin/fastq-dump命令，没有前面的error，执行成功。

 

　　更改PATH，此为后话。

 

总结：

　　1.任何异常、怀疑都要重视。

　　　　比如，我执行fastq-dump时，发现版本号2.5。我心里疑惑了一下下：怎么不是2.10呢？随即，放弃了该疑惑。

　　　　如果，我最开始就思考这个疑惑，可能不会折腾这么久。

　　2.不要受惯性思维驱使。重视系统/工具给出的任何提示，提示就是解决之道。