热图展示单细胞转录组基因在不同组中表达阳性细胞差异
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篇首语:本文由小常识网(cha138.com)小编为大家整理,主要介绍了热图展示单细胞转录组基因在不同组中表达阳性细胞差异相关的知识,希望对你有一定的参考价值。
参考技术A近日,看到-生信作曲家-发的帖子,展示的内容是单细胞差异基因的图,是利用热图的形式展现的,在一个热图上可以展示不同cluster中不同组的基因表达阳性细胞比例,差别一目了然,可以同时展示很多的基因。
首先构建作图数据,我们用最“笨”的办法吧,分别找出不同细胞类型下,两组之间(GM, BM)的差异基因,这里设置阈值为0,让所有基因都保留下来。然后设置需要查看或者展示的基因,分别在各个差异基因文件中提取这些基因的表达数据,我们需要的数据是ptc1和ptc2这两列,分别对应两个分组。最后将所有细胞差异基因中提取的数据进行合并就可以作图。
热图的做法很简单,参考我们之前的系列:
画热图只标注感兴趣的基因名称
热图2:分组聚类,让热图分裂
热图3:热图行列分组信息注释
热图4:ComplexHeatmap画复杂热图行列注释
我们可以直接用pheatmap来画,但是区别在于需要将每个基因在细胞中的表达数值显示在热图上,只需要加display_numbers = TRUE参数即可。
最后导出pdf图片,用AI修饰一下即可。
当然ComplexHeatmap包的Heatmap函数也是适用的。如果需要进行更多的修饰和改造也是可以的。( 补充:之前的热图系列没有说到一个问题就是ComplexHeatmap做热图之后的legend标题的问题,自动显示的是matrix,而且每画一次,就在后面加数字,有很多小伙伴有这个疑问。其实在他的参数heatmap_legend_param 中是可以定义标题和legend位置的。 )
最后修饰修饰成为一个可发表的图片。
这个热图还是挺实用的,有需要示例数据的小伙伴可在我的公众号《KS科研分享与服务》----联系作者索取数据,记得在公众号后台留下您的邮箱!
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