如何使用Jupyter单元调用python命令行程序

Posted 2021-05-05

我正在使用第三方程序，该程序旨在作为命令行程序运行，该程序输出以后需要在我的代码中使用的文件。我在Jupyter Lab工作，希望将函数调用集成到我的代码中。运行此操作的典型方法是：

python create_files.py -a input_a -b input_b -c -d

然后我想在我的Jupyter笔记本中调用它。我已经能够通过使用!来实现它，即：

! python create_files.py -a input_a -b input_b -c -d

这个问题是，当我想使用变量指定input_a或input_b时，这不起作用，因为看起来!期望一个文字字符串，可以这么说。

有没有更简洁的方法来做这个而不必改变这个程序的源代码（我已经尝试过研究它，并且编写代码使得没有简单的方法来调用它的主函数。）

答案

在Jupyter笔记本上，使用subprocess来运行命令行脚本是这样的：

简单的命令行版本：

 dir *.txt /s /b

在Jupyter笔记本上：

import subprocess
sp = subprocess.Popen(['dir', '*.txt', '/s', '/b'], 
    stderr=subprocess.PIPE, 
    stdout=subprocess.PIPE, 
    shell=True)

(std_out, std_err) = sp.communicate()   # returns (stdout, stderr)

打印出错误消息，以防万一：

print('std_err: ', std_err)

打印出回显消息：

print('std_out: ', std_out)

我认为这个例子很清楚，你可以根据自己的需要进行调整。希望能帮助到你。

另一答案

你的问题类似于：

How to execute a * .PY file from a * .IPYNB file on the Jupyter notebook?

您可以使用以下命令，这有点hacky：

%run -i 'create_files.py'

“正确”的方法是使用自动重载方法。一个例子如下：

%load_ext autoreload
%autoreload 2
from create_files import some_function
output=some_function(input)

自动重载的参考如下：https://ipython.org/ipython-doc/3/config/extensions/autoreload.html

希望能帮助到你。